Между тем, в силу того, что в это время теперь уже российская власть рассматривала вопрос о возможности создания антитурецкого фронта всех европейских государств, были начаты переговоры с Ватиканом. И в целях усиления переговорных позиций России власть пошла на такой чрезвычайный шаг, как разрешение иезуитам открыть в стране постоянное представительство ордена. Так, в 1684 году в Москве начали свою работу члены миссии чешской провинции ордена во главе с Карло Маурицио Бота, которые действовали достаточно энергично. Они основали здесь школу, в которую приглашали русских детей, выпускали книги на русском языке и католические образа, составили месяцеслов святых, который почитался в Русской церкви.
Влияние на жизнь в России орден оказывал не только через миссионеров, но в большей степени через орденскую литературу, прежде всего польскую, так как научные и литературные контакты с Польшей в эти годы были интенсивнее, чем с другими странами Европы. Наиболее известным произведением, широко распространённым в России, было «Великое Зерцало примеров» — перевод польской редакции латинского сборника нравоучений, исправленное издание которого было выпущено иезуитом Иоанном Майором. Переводились и другие произведения иезуитов, а среди учебников, по которым обучалось всё русское образованное духовенство, первое место занимали труды польских иезуитов Яна Моравского и профессоров Войцеха Тылковкого и Луки Залусского. Эти учебники имели особое значение в формировании русской философской лексики[43].
В 1688 году за их неприкрытый прозелитизм иезуиты были высланы из России, но продолжали действовать тайно. Они находились в окружении Петра I, как, например, один из самых влиятельных иностранцев в России, шотландец генерал-поручик Патрик Гордон, военный наёмник и авантюрист. Именно он выхлопотал у Петра задним числом прощение для иезуитов, которые самовольно, без разрешения построили в Москве первый костёл. Такое отношение Петра определялось тем, что он вынашивал планы установления постоянных контактов с Ватиканом, и при нём впервые было даже заявлено о готовности России признать за понтификом по аналогии с Константинопольским патриархом титула «Ваше Святейшество»[44].
В эти годы иезуиты действовали через тайную католическую миссию, которую представляли как учреждение, управляемое германским императором, а не папой. Дела этой миссии описаны в книге «Письма и донесения иезуитов о России конца XVII и начала XVIII веков»[45], изданной в 1904 году в Петербурге и представляющей собой документы из одного из пражских архивов, в котором хранились бумаги богемской провинции ордена. В одном из писем, говоря об эффективности тайной деятельности, автор-иезуит указывал: «О, если бы с самого начала наши отцы пришли в эту страну не под своим, а под чужим именем! Нам не позволили бы и тысячной доли (я могу поклясться в этом!) того, что теперь позволяют, если бы знали, что мы иезуиты»