С развалом СССР Армянская церковь и армяно-католики стали представлять для Ватикана особый интерес в его политике проникновения на Кавказ, и в первую очередь в Грузию, имеющую стратегическое значение на Южном Кавказе. Св. Престол стал активно поддерживать их претензии на храмы Грузинской православной церкви (ГПЦ)[1195], делая главную ставку на армян-католиков, которые претендуют на храмы в Самсцехе-Джахети на юге Грузии, половина населения которого составляют армяне. В этих целях ещё в 1991 году им был учреждён Ординариат Восточной Европы для армяно-католиков (оформляет и армян-католиков на территории Армении и Грузии) с центром в Гюмри, а в 2011 году во главе его был поставлен архиепископ Рафаэль Минасян, являющийся одним из самых «ценных кадров» Ватикана, в частности, учредившим армянское католическое телевидение «Телепаче Армения».
Мы видим тут тот же почерк Ватикана, что и на Украине. Поддерживая существующий межрелигиозный конфликт, он всегда может влиять на ситуацию в своих интересах, действуя в нескольких направлениях: либо провоцировать конфликты между православными и мусульманами, чтобы потом выступать в качестве защитника христиан; либо делать так, чтобы в Грузии было выгодно быть армяно-католиком или католиком. Хитрость в претензиях на храмы тут такова, что если храм отходит к ААЦ, то прихожане должны изменить свою национальную идентичность, а если храмы отходят к армяно-католикам, то грузины остаются грузинами, но должны перейти в католицизм. Но для грузина отказ от Православия и есть отказ от грузинской идентичности[1196].
Другая проблема, используемая Ватиканом, связана с положением Турции, с которой у Ватикана осложнились отношения после того, как понтифик заявил в 2015 году, что убийство 1,5 миллионов армян в период Первой мировой войны было «первым геноцидом XX века». Это заявление стало своего рода сигналом, подтверждающим, что Турцию будут дробить в соответствии с планом «Нового Ближнего Востока». Очевидно, что в отношении Турции осуществляется план её федерализации, и ААЦ тут может сыграть свою роль.
Дело в том, что по каноническому устройству ААЦ имеет два католикосата: с центром в Эчмиадзине (Армения), которому принадлежит первенство, и Киликийский с центром в Ливане (под его управлением находятся епархии Ливана, Сирии и Кипра). Существуют также два автономных патриархата ААЦ — Константинопольский и Иерусалимский. Недавно Киликийский католикосат при поддержке Эчмиадзина поставил вопрос о возвращении ему резиденции и поместья, расположенного на территории исторического региона Киликии на юге Турции. Эту позицию поддержал и армянский президент Серж Саргсян, который в сентябре 2014 года отправился в Ватикан, где в ходе личной беседе с понтификом обсудил тесное сотрудничество Св. Престола с Эчмиадзином, после чего президент пригласил папу римского в Армению. Состоялась также встреча президента с госсекретарём Паролином, на которой обсудили проблемы христиан Ближнего Востока, и в ходе которой Саргсян представил готовность участвовать в необходимых работах в этом регионе, а госсекретарь пообещал сбалансированную позицию в нагорно-карабахской проблеме.