Большую роль в этой борьбе сыграли и пограничные войска НКВД СССР. Только за сентябрь 1943 года пограничниками было задержано 2596 нарушителей границы и выявлено среди них более 140 агентов германской разведки и 130 контрабандистов. За нарушение пограничного режима задержано более 8 тысяч человек.
ОКР Смерш НКВД вел оперативную работу и в пограничных войсках. Были результаты. Вот один из примеров — в январе 1944 года был выявлен и арестован дезертир М-ко, один из рядовых пограничного полка Карельского фронта, который после 1941 года, проживая на оккупированной территории, добровольно поступил на службу в 8-ю Украинскую добровольческую сотню в Харьковской области. В ходе допроса контрразведчики НКВД установили, что он принимал участие в массовых расстрелах советских военнопленных. Он признался, что лично застрелил свыше 50 человек. Он был судим Военным трибуналом. По приговору военно-полевого суда М-ко был казнен через повешение.
Большую роль в защите и охране диверсионно-уязвимых промышленных объектов сыграли конвойные дивизии и бригады войск НКВД, которые дислоцировались в крупных промышленных центрах страны. Они препятствовали и пресекали акты хищения оружия, боеприпасов, денег и других материальных средств.
Так, летом 1944 года ОКР Смерш НКВД арестовал группу расхитителей в составе 8 человек во главе с командиром роты автоматчиков 272-го полка промышленных войск НКВД, охранявшего Архангельский порт. Их деятельность представляла угрозу международному престижу СССР. Дело в том, что они систематически похищали грузы, в том числе английской миссии в Архангельске.
Кроме того, подразделения ОКР Смерш НКВД совместно с командованием соединений и частей войск вели борьбу с расхитителями грузов на железных дорогах. Только в 1943 году на этом канале перевозок было задержано 15 232 расхитителя. А за шесть месяцев с начала 1944 года органами ОКР Смерш было раскрыто 75 случаев групповых хищений и 131 случай мелких одиночных фактов воровства.
ОКР Смерш НКВД занимался и профилактической работой в войсках и совместно с командованием принимал решения об откомандировании неблагонадежных или проштрафившихся военнослужащих в воинские части Красной армии. В 1944 году из войск НКВД было откомандировано и передано в части и подразделения Красной армии около 10 тысяч человек.
Контрразведка Смерш НКВД имела солидные оперативные результаты по одной из главных линий в течение войны. Только с мая 1943-го по август 1944 года в войсках НКВД и их окружении было выявлено: 293 изменника Родины, 100 подозреваемых в шпионаже, 76 пособников немецких оккупантов, 356 дезертиров, 58 планирующих совершить конкретные террористические акты.