В 1937–1938 годы — помощник начальника 7-го отделения 5-го отдела НКВД СССР. Выезжал для выполнения спецзаданий в Париж и Прагу, в 1938–1939 годы — заместитель начальника 7-го отделения Особого отдела 2-го управления НКВД СССР.
В 1939–1940 годы — начальник 9-го отделения 4-го отдела Особого отдела ГУГБ НКВД СССР. В 1940-1941-м — начальник 5-го отделения Особого отдела НКВД СССР.
Начальник Особого отдела НКВД Юго-Западного фронта — с 10 октября 1941 года по 19 августа 1942-го, с 19 августа 1942 по 7 октября того же года руководил Особым отделом НКВД Сталинградского фронта. После этого — до 17 ноября 1942-го — Особым отделом НКВД Донского фронта. И снова с 17 ноября 1942 года по 1 января 1943-го он начальник Особого отдела НКВД Сталинградского фронта, а потом руководитель Особого отдела НКВД Южного фронта.
Заместитель начальника ГУКР Смерш по разведывательной работе — с 4 мая 1943 года по май 1946-го.
Уполномоченный НКВД по 4-му Украинскому фронту и в Варшаве — советник НКВД СССР при Министерстве общественной безопасности Польши.
Заместитель министра ГБ СССР — с 7 мая 1946-го по 28 августа 1951 года и до ноября 1947-го — начальник 3-го Главного управления МГБ СССР.
2 ноября 1951 года был арестован по «делу В. С. Абакумова». Освобожден из-под стражи 23 марта 1953-го. Уволен из органов ГБ по состоянию здоровья 28 августа 1953 года с формулировкой «по данным, дискредитирующим звание лица начальствующего состава МВД».
Николай Николаевич Селивановский стал руководителем Особого отдела НКВД Юго-Западного фронта (ЮЗФ) в октябре 1941 года после гибели комиссара ГБ 3-го ранга А. Н. Михеева, возглавлявшего этот отдел. Это был период повального отступления РККА, несмотря на стойкость и мужество советских солдат и командиров. Военные контрразведчики ЮЗФ сражались на невидимых фронтах с агентурой абвера: разведчиками, диверсантами и террористами противника.
12 июля 1942 года на базе полевого управления войск ЮЗФ в составе 21-й, 62-й, 63-й и 64-й армий под командованием Маршала Советского Союза С. К. Тимошенко был образован Сталинградский фронт (СФ). Вскоре Сталинградским фронтом в июле-августе 1942 года стал командовать генерал-полковник В. Н. Гордов, который в общении с подчиненными был груб и порою даже жесток. Кроме всего прочего от командиров разных степеней во фронтовое Управление особых отделов, которым руководил генерал Н. Н. Селивановский, поступали жалобы об ошибках и некомпетентных решениях командующего, могущих привести к тяжелым последствиям для войск. Не раз военный контрразведчик обсуждал этот вопрос с членом Военного совета фронта Н. С. Хрущевым, но тот держал нос по ветру.