И все же Иисус, как известно из Евангелий, подвергал их резкой критике. Да, фарисеи действительно были в высшей степени благочестивыми людьми, но их благочестие было во многом негативным. Вероятно, само их прозвание «фарисеи» означало «отделенные», то есть люди, стремящиеся к отделению от всякого ритуального и нравственного осквернения. Они так истолковывали знаменитые слова из книги Левит 19.2: «Как Я свят, так и вы должны быть святы», добавляя к ним «Как Я отделен, так и вы должны быть отделены». Многие из них понимали это отделение как отделение не от греха, но от грешников, которыми они считали всех, кто не мог или не хотел держаться столь же высоких стандартов чистоты. Так, например, крестьяне и ремесленники были в их глазах «ам-хаа́рец» («народ земли»), который проклят Богом. Притом надо помнить, что фарисеи, как и все евреи того времени, в отличие от греков и римлян, уважительно относились к физическому труду, а другого тогда практически не существовало. Как правило, они сами владели навыками какого-нибудь ремесла и призывали других обучать ему своих детей. «Если ты не учишь сына ремеслу, значит, ты готовишь его в бандиты», – так гласит речение в Талмуде. Иешуа бен-Нун (в синодальном переводе «Иисус, сын Сирахов») хотя и говорит, что ремесленники и земледельцы не обладают мудростью, необходимой для того, чтобы стать судьями и членами советов, потому что тяжелый труд, которым они занимаются с утра до вечера, не оставляет им времени для, выражаясь современным языком, духовного и культурного развития, тем не менее относится к ним уважительно и утверждает, что без них невозможно существование городов и государств. Но фарисеи начинают относиться ко всем тем, кто не так тщательно соблюдает даже мельчайшие предписания Закона и устного предания, как к грешникам, отделенным от Бога и поэтому проклятым. Вольно или невольно они начали создавать своеобразное гетто, в которое помещали себя, отделяясь от других людей и осуждая их от имени Бога. Вот так благочестие, не видящее в других людях братьев, превращается в свою противоположность.
Конечно, среди фарисеев были разные люди. Деяния апостолов сообщают, что многие из них позже стали христианами, но и большинство тех, кто не принял новое учение, относились к его последователям терпимо. В Евангелии от Луки фарисеи, узнав, что Иисусу грозит опасность со стороны Ирода Антипы, тетрарха Галилеи, предупреждают Его об этом. Таким образцом мудрости и терпимости был учитель Савла Гамалиил. Когда апостолов привели на суд Синедриона, Гамалиил не только выступил против смертного приговора (кое-кто из его собратьев готов был вынести его), но и образумил их словами, которые и в наши дни хорошо бы крепко помнить христианам: «Оставьте в покое этих людей, отпустите их. Если их цель и их дело от людей, оно само собой погибнет, если же оно от Бога, вам не уничтожить их. И как бы не оказалось, что вы боретесь с Самим Богом!» (Деян 5.38-39).