Главные отличия Евангелия от синоптических.
Всякого, кто открывает это Евангелие, уже прочитав другие три, не может не поразить их несходство. И это несходство затрагивает язык, стиль, хронологию и т. д. Так, читая синоптиков, складывается впечатление, что земное служение Иисуса длилось не больше года, но у Иоанна Он по крайней мере трижды приходил в Иерусалим на праздник Пасхи, и, значит, Его служение продолжалось самое малое три года, если не более. В других Евангелиях Иисус призывает первыми Петра и Андрея, причем делает это по Своей инициативе. Но здесь за Иисусом последовали два человека, которые до этого были учениками Иоанна Крестителя, и имя одного из них – Андрей, а имя другого евангелист не сообщает. Нет здесь не только рассказа об избрании апостолов, но евангелист не употребляет даже самого слова «апостол». Те, кто следует за Ним, называются учениками. У синоптиков очень важна роль Петра: от имени всех апостолов Петр торжественно объявляет Иисусу, что они признали в Нем Мессию-Помазанника, прихода которого уже несколько столетий дожидался народ Божий. В Евангелии от Марка, как отчасти и в остальных Евангелиях, это важнейший момент, некий поворотный пункт. Ведь именно после него Иисус сообщает ученикам, что Он должен будет умереть и воскреснуть и начинает их учить отдельно от народа, готовя к той великой миссии, которую они будут призваны исполнить после Его вознесения к Небесному Отцу. Но в 4-м Евангелии есть что-то весьма отдаленно напоминающее исповедание в Кесарии, которое никак не может быть кульминационным моментом (6.69). В первой половине Евангелия теме учеников частично посвящена первая глава, а затем их почти не видно и не слышно. Зато большую часть второй половины занимает беседа Иисуса с учениками во время последнего прощального ужина, которая у синоптиков практически отсутствует (главы 13-17).
Все евангелисты, кроме Иоанна, рассказывают о том, что Иисус выгнал из иерусалимского Храма торговцев незадолго до Своей смерти, что и стало поводом для ареста и смертного приговора. Иоанн же начинает этим рассказом служение Иисуса, и очищение Храма играет совершенно другую роль в повествовании. У четвертого евангелиста ничего не говорится о тех важных событиях, при которых должен был присутствовать сам Иоанн Зеведеев, если он действительно автор Евангелия. Это воскрешение дочери Иаира, Преображение, апокалиптическая речь, Гефсиманская молитва. У него нет установительных слов Евхаристии во время последней трапезы, которая, согласно Матфею, Марку и Луке, совпадала со временем празднования еврейской Пасхи, а согласно Иоанну, была на день раньше. Евангелист помещает их в совсем другой контекст: Иисус произносит их в капернаумской синагоге на следующий день после умножения хлеба.