И все же он долго не решается опубликовать это сочинение: какой политический резонанс оно вызовет? Есть ли в нем необходимость? И как поведут себя шведы в завоеванных городах? Сумеют и захотят ли их военачальники удерживать и дальше солдат от грабежей? Ян Амос не может с уверенностью ответить ни на один из этих вопросов и, лишь уступая настойчивым просьбам Шлихтинга, передает свое сочинение в типографию...
Однако время показывает, что сомнения Коменского имели реальное основание, оправдываются его худшие опасения. Начались грабежи и разбои. Шведские солдаты бесчинствуют. Польские горожане и крестьяне разбегаются при приближении шведов, уходят в отряды, которые собирает дворянство, готовое защищать свою землю от захватчиков. Патриотический порыв сплачивает разные слои населения вокруг польского короля, который, собравшись с силами, начинает отвоевывать свои города. Идут кровопролитные бои. Ожесточение войны рождает у королевского войска ненависть к городам, вступившим в соглашение со шведами. Ян Казимир беспощадно их карает.
Коменский предвидит надвигающуюся опасность. Он отсылает в Нюрнберг рукопись «Мира в картинках», в Гамбург — часть своих пансофических книг. Друзья настойчиво советуют ему покинуть город, даже сам шведский король Карл Густав предлагает переехать в безопасное место. Но Ян Амос считает себя не вправе оставить общину: в эти тяжелые дни он должен быть с братьями, чтобы разделить с ними общую судьбу. Он все еще не теряет надежды, что развитие событий приведет к столкновению Швеции с Габсбургами, союзниками Польши, и что тогда выступление Георга Ракоци освободит, наконец, Чехию.
Пока есть хотя бы какие-то реальные основания, он страстно хочет верить в осуществление этой многолетней мечты.
В конце апреля 1656 года под стенами Лешно показались отряды Яна Казимира. Становится известно, что солдаты намерены предать огню город, как гнездо ереси. Небольшой шведский гарнизон отваживается завязать бой за стенами города, но, кроме потерь, это ни к чему не приводит. Горожане из тех, кто способен держать оружие, давшие по требованию Шлихтинга присягу верности, сторожат бастионы, однако они не верят в возможность отстоять город. В королевских отрядах немало бывалых воинов, они хорошо вооружены, а за ними во второй линии расположились вооруженные крестьянские формирования. Сопротивление, полагают защитники, бессмысленно. В страхе и напряженном ожидании проходит ночь...
Наутро выясняется, что Шлихтинг тайно бежал из города. Сообщение вызывает повальное бегство. В несколько часов город пустеет. Ян Амос спустя много лет вспомнит: «...вся община, все охваченные паническим страхом, как будто все мы забыли обо всем, с единым помыслом остаться лишь только в живых бежали мы, куда кто мог, намереваясь искать спасение в соседней Силезии». Поляки, приготовившиеся к длительной осаде, отходят подальше — они уверены, что гарнизон будет сражаться до конца. Но вскоре разведчики доносят, что из города без конца тянутся телеги, кареты, верховые, пешие... А затем Лешно покидают шведы, стража, муниципалитет, уходят все, кто может. Коменский с семьей и несколькими братьями уходит последним. Он решается на это, чтобы спасти семью. Ян Амос успевает лишь спрятать наиболее ценные из оставшихся рукописей и книг в яме, вырытой в полу его спальни, и взять лишь самое необходимое из того, что можно унести. Ежеминутно рискуя жизнью, небольшая группа братьев вместе с семьей Коменского с трудом выбирается из города и затем по лесам и болотам выходит в относительно безопасные места. Их путь лежит в Силезию, где также живут братья и где Коменский вместе с семьей находит приют у Вацлава из Будова.