На большее католики пока не решаются. Но что будет, если восстание потерпит поражение? В своих проповедях Коменский призывает к спокойствию. Он осуждает дух вражды. Чешские братья не должны поддаваться ему. Ведь они выступают за свободу вероисповедания, за святость своих обычаев и достоинство народа чешского — как же могут они при этом ненавидеть инакомыслящих? Пусть братья всемерно помогают правому делу, но не дадут чувству ненависти овладеть своими душами, ибо нельзя творить добро с помощью зла.
Сам Коменский подает пример выдержки и спокойствия. И лишь одна Магдалина знает, какая тревога за будущее обуревает его. По-прежнему горит светильник на его столе в ночные часы, но порой он кладет перо и сидит в глубокой задумчивости. Иногда встает, чтобы взглянуть на спящего сына. Магдалина прижимается к его руке, она готова перетерпеть все, что выпадет на ее долю, лишь бы он всегда был с ней. Ян Амос молча гладит ее волосы. Ему представляется гигантский водоворот, который втягивает в себя все, что находится около него, и низвергает в пучину. Это война. Человек — песчинка в этом водовороте...
До Фульнека доходят сведения о выступлениях вооруженных крестьян против иноземных войск. Снова проявляют они мужество в защите родной земли, но в Праге по-прежнему не хотят их признавать. Положение осложняется тем, что наемные солдаты директории грабят, мародерствуют, творят бесчинства. Они ведут себя точно так же, как солдаты Фердинанда. Крестьяне вынуждены защищаться и от тех и от других. На юге Чехии вооруженные крестьяне численностью до четырех тысяч выступили с протестом против разрушений, учиненных наемниками директории, и потребовали освобождения от личной зависимости. Несколько тысяч вооруженных крестьян близ Праги, возмущенные грабежами наемников, направились в Прагу, и Фридрих Пфальцский вынужден был признать за ними право защищаться от насилий солдат — подумать только! — призванных сражаться против войск Фердинанда.
Грабежи и насилия вызывают широкие крестьянские волнения, направленные против панов — и сторонников и противников Габсбургов. Крестьяне требуют отмены барщины, освобождения от кабалы. Правительство вынуждено бросать войска на подавление этих волнений. Оно продолжает противиться велению времени — пойти навстречу требованиям народа и призвать его на борьбу с иноземными врагами. Назначенные при Фридрихе Пфальцском «высшие земские служащие» берут в армию лишь каждого десятого крестьянина и каждого восьмого жителя города. Как бывало уже не раз, размышляет Коменский, эгоистические интересы знати и дворянства взяли верх над общенациональными интересами страны. На что же рассчитывает правительство? На поддержку Протестантской унии? Пока она направила в Чехию небольшое войско под командованием графа Мансфельда. Это все, что мог сделать Фридрих Пфальцский. Но никак не ответили на просьбу Франция, Англия, Голландия. Все очевидней, что надежды чешской директории на помощь извне не оправдываются. А любезный образованный Фридрих Пфальцский в эти критические месяцы занят пирами. И вскоре на Чехию обрушивается тяжелый удар: Протестантская уния заключает договор о мире с Католической лигой! Теперь Чехия останется одна против мощной коалиции католических государств. Австрия, Испания, Бавария, Польша, папская курия вводят на территорию Чехии все новые отряды своих войск.