Между тем и сам Коменский находится в постоянной опасности, то и дело приходится ему менять тайные убежища. В конце концов он бежит в Брандис-на-Орлице, где в это время жил Карел Жеротинский. В его большом городском доме поселилось несколько священников общины. Королевские чиновники пока не решаются без разрешения хозяина совать свой нос в дом влиятельного богатого графа. В небольшой церкви, недалеко от могилы магистра Григория, основателя общины чешских братьев, они могут, правда тайно, совершать и богослужения. Именно здесь, в Брандисе-на-Орлице, Коменскому суждено испытать самое сильное потрясение в своей жизни: человек, посланный к Магдалине, возвращается с вестью о ее смерти и вместе с ней смерти двух детей, один из которых едва увидел свет. Магдалину не тронули ни солдаты, ни горожане. Но испанцы принесли чуму, опустошившую Фульнек. Чума не пощадила Магдалину с детьми. Все сошлось в один трагический узел: боль за поруганную родину, за страдание народа, жизнь в изгнании словно со связанными руками, стиснутым сердцем. И вот — гибель жены и детей...
В эти черные дни товарищи по несчастью не знают, как облегчить горе Яна Амоса. Они избегают его взгляда, боясь прочитать безысходное отчаяние. Но Коменский не замыкается в своем горе, с большей энергией он участвует в делах общины. Откуда он черпает силы? В чем видит опору его мощный дух?
Глядя на него, поднимают головы и другие. Самое страшное— опустить руки, поддаться унынию, а они должны бороться. Есть подвиг терпения, подвиг надежды. Братья общины, живущие в Брандисе-на-Орлице, и особенно те, кто находится рядом с Коменским, видят, как ежечасно, ежеминутно совершает этот подвиг молодой священник.
Оставаясь наедине с собой, Ян Амос в отчаянии берет в руки копию своего сочинения «О совершенстве христианском». Глаза сухи, в горле стоит комок. Нет, ему не достичь христианского совершенства! В сердце — гнев и боль. Где взять силы для покорности и смирения? Медленно перелистывает Ян Амос рукопись, читает отдельные места. Какая трагическая ирония судьбы! Он предназначал это сочинение прежде всего для Магдалины, теперь он сам ищет в нем опору. Исполнять волю божью — это значит самоотверженно переносить любые невзгоды, даже тогда, когда нам неизвестен или непонятен божий умысел. Если он был искренен, когда писал эти строки, то должен обрести в этой мысли силы, чтобы жить и помогать другим переносить несчастья.
Изгнанники, живущие в Брандисе, среди которых много вдов, одиноких, предоставленных произволу судьбы женщин, обращаются к Коменскому за помощью: как обрести силы, чтобы пережить невзгоды и беды? Ян Амос отвечает сочинением «Град незавоеванный есть имя господне». Убеждая других, Коменский убеждает себя.