Долгие месяцы не утихает расправа над участниками восстания. Имения, замки и земли чешских панов и рыцарей, замешанных в антигабсбургском движении, конфискуются и отдаются ставленникам императора. Многострадальную Чехию рвут на куски. Идут бесконечные суды, казни, разрастаются грабежи, убийства. Священники-протестанты изгоняются из страны. Горят костры из чешских книг. Месть Фердинанда мятежному народу не знает пределов.
Коменский находится в Жеротине под Штернбергом, в землях графа Жеротинского. Но террор Фердинанда принял такие размеры, что Жеротинский, хотя и не числится среди его врагов, не может открыто давать приют протестантам. Вокруг шныряют иезуитские шпионы. Стоит им пронюхать, кого прячет граф, — и Коменскому не сносить головы. На случай особой опасности люди Жеротинского нашли для Яна Амоса тайное убежище в дупле старой липы в ближнем лесу. Там он может писать, в случае необходимости провести ночь.
Что происходит в его душе? Гибнет родина, в смертельной опасности его близкие. Тысячи людей в изгнании. Льется кровь. Целый народ отдан на поругание победителю. Отчаяние Коменского так велико, что он думает о смерти. Если так хрупки принципы христианской нравственности, можно ли после этого жить? Но ведь живут другие люди, возражает он сам себе, живут, страдают, борются. Уйти в такой момент было бы постыдным малодушием. Его долг в том, чтобы быть с теми, кто находится в несчастье. Мысль эта всегда придавала Яну Амосу силы, звала к действию. Но чем он может помочь таким же изгнанникам, как он сам?
Как дальше жить? Мучительные раздумья не оставляют Коменского. Тревога за Магдалину рвет ему сердце. Он уже знает: солдаты сожгли его дом в Фульнеке, погибло все их достояние, богатая библиотека, его рукописи. К великому счастью, Магдалина успела скрыться с детьми у добрых людей. Каково ей там, в опасности, без средств к существованию?
Именно эти дни тревоги и горьких сомнений, постоянной душевной боли, ибо невозможно видеть торжество и безнаказанность зла, бросающего вызов всему человечеству, Коменский пишет сочинение «О совершенстве христианском», посвящая его Магдалине. Мысленно обращаясь к ней, он страстно хочет в этом сочинении убедить ее и себя, что исполнять волю божью — значит терпеливо переносить любые беды даже тогда, когда непонятен божий умысел. Чем же еще он может укрепить ее дух? Ян Амос надеется, что они еще будут вместе, но надо обрести силы и мужество, чтобы не согнуться под ударами судьбы. Закончив работу, он заказывает копию для Магдалины и себя.