Ян Амос и Доротка отдают все силы укреплению общины, заботясь о сиротах, о больных, об одиноких женщинах. Они достают деньги и одежду, вовлекая в деятельное участие в общей судьбе братства каждого его члена. Каждый, не раздумывая, должен делиться с нуждающимися последним, не устает повторять Коменский, не считаясь с опасностью, давать приют, оказывать необходимую помощь. Пример Коменского, его слова сплачивают людей, помогают преодолеть страх и отчаяние, но годы жестоких преследований, мучительной жизни в подполье уже подточили силы общины. Они на исходе. Все больше становится тех, кто нуждается в немедленной помощи, все меньше возможностей ее оказать. А надвигаются еще худшие времена. Необходимо было решить, как уберечь людей от уничтожения. Весной 1625 года в деревне на склоне Крконошских гор состоялся тайный съезд священников братства, на нем Коменскому и еще двум проповедникам поручается выяснить, можно ли в Польше найти место для поселения чешских братьев.
Тайная миссия сложна и опасна. Переговоры придется вести в условиях кровавой войны, в которую втянута Польша на стороне Католической лиги. Понятно, что в любой момент Коменский и его товарищи могут быть схвачены и переданы польскими властями в руки Фердинанда. А это означало казнь.
Правда, в Лешно, куда направились посланцы братьев, издавна находили прибежище чешские протестанты, еще с прошлого века, после поражения первого антигабсбургского восстания, основавшие там свои общины, и, несомненно, изгнанники могут рассчитывать на их помощь, тем более что правитель города граф Лещинский — протестант. Но как далеко простирается его власть в это жестокое время?
Ян Амос знает, успех дела спасет жизнь многим тысячам беззащитных людей, и ночью, переходя тайными тропами границу Чехии, он думает о том, что, если они выполнят поручение, жизнь его будет оправдана. Коменскому и его товарищам удалось договориться с графом о поселении членов общины с семьями в Лешно. Несомненно, Лещинский учитывал, что приход чешских братьев, среди которых было много ремесленников, чье мастерство и трудолюбие были общеизвестны, принесет городу процветание. А чешские семьи оказывались в атмосфере терпимости и дружелюбия. Отсюда дворяне-протестанты могли беспрепятственно уйти (что и происходило) в шведское войско, выступавшее против Фердинанда.
Вернувшись на родину, Ян Амос деятельно занимается подготовкой общины к переселению, но пока вместе с Дороткой ему приходится искать новое убежище. Летом 1626 года Коменский с женой и тестем Яном Цирилем находят приют в Биле-Тржемешне, в северо-восточной Чехии, в замке чешского дворянина Иржи Садовского. Здесь Ян Амос встречает своего старого товарища по Герборнскому университету протестанта-священника Яна Стадия, который приглашен сюда в качестве воспитателя троих детей хозяина замка, и Ян Стадий просит Коменского дать советы, как ему обучать детей Садовского, он просит даже написать для него дидактические правила.