В Чехию возвращаются многие чешские эмигранты. В их числе Генрих из Турна, находящийся на военной службе у шведского короля, и другие известные люди, дворяне, рыцари, купцы. Отовсюду изгоняются иезуиты. Собирается синод протестантских священников для восстановления в стране протестантизма. В апреле 1632 года шведы громят войска Максимилиана Баварского. Кажется, не за горами долгожданная победа над Фердинандом.
Коменский спешно дописывает две последние главы «Дидактики». Он мечтает, что его труд поможет создать новые школы соотечественникам, которые вскоре вернутся на родину. Целыми часами изгнанники обсуждают последние события, строят радужные планы. Но силы Габсбургов еще не сломлены. Фердинанд вновь призывает Валленштейна. Император не скупится на милости: Валленштейн объявляется генералиссимусом всей Римской империи, австрийского дома и испанской короны. Армия его растет не по дням, а по часам. В мае 1632 года Валленштейн вторгается в Чехию, вытесняет саксонцев и штурмом берет Прагу. Снова чешские земли подвергаются разорению, на этот раз — и с той и с другой стороны: шведы оказались такими же грабителями, как и австрийцы, испанцы, немцы.
Изгнанники тяжело переживают крушение своих надежд. В беседах с отчаявшимися людьми Коменский ищет необходимые слова поддержки, утешения. Он напоминает об ответственности за будущие поколения, за будущее родины. Как бы ни было тяжело, нужно выдержать все испытания, ниспосланные судьбой. Жить и трудиться несмотря ни на что, не сгибаться, не терять веры в освобождение родины. В голосе Коменского звучит глубокая убежденность. Но его собственная жизнь убеждает красноречивей слов. Погрузившись с головой в дела общины и школьную работу, он трудится не покладая рук. Коменского избирают ректором гимназии, где в старших классах он преподает физику, ему поручается опека над учащейся молодежью. В его ведении находится типография, которую прислал граф Жеротинский. Коменский вносит поправки в школьные программы в соответствии со своими идеями приближения обучения к реальным потребностям жизни, разрабатывает латинскую грамматику. И все это помимо его работ.
Война между тем идет с переменным успехом. В сражении под Лютценом шведы одерживают победу над Валленштейном, но в бою погибает шведский король Густав Адольф. Это большая потеря для протестантов. Валленштейн собирается с силами и снова действует успешно. Фердинанд, однако, уже не верит ему, подозревая в сношении со своими врагами. Валленштейна обвиняют в государственной измене и по приказу Фердинанда тайно убивают в Хебе. Вскоре в битве у Нордлингена объединенные императорские войска наносят шведам тяжелое поражение. Не видно конца войне, не видно конца смертям, страданиям, уничтожению сел и городов. И даже смерть Фердинанда II Габсбурга, принесшего чехам и всей Европе столько несчастий, не примиряет враждующие стороны. Безумная кровавая война продолжается...