Лишь на корабле, плывущем в Швецию, у Яна Амоса появляется, наконец, время, чтобы спокойно разобраться в своих впечатлениях. Вспоминая встречи в городах Европы, Коменский пытается понять причины столь неожиданной для него громкой славы. Вероятно, его идеи отвечают пусть смутному, но все более крепнущему ощущению людей, что человечество — одна семья. Европа устала от войн, от розни между народами и странами, от жестокости, деспотизма, несправедливости, грядет новый век — век науки, просвещения, и его современники, почувствовавшие необходимость перемен, ищут новые пути. И все-таки не следует обольщаться! Новые времена несут с собой не только стремление к свободе и знаниям. Рядом идут своекорыстие, жестокость, беспощадная борьба за власть. Появился новый могущественный класс людей энергичных и предприимчивых. Они требуют новых законов, дающих всем равные права, они за гласность, за демократический парламент. Но они, так же как короли и их приспешники, готовы без зазрения совести угнетать несчастный народ! Новые времена... Кто возвестит об их приходе? Те, кто провидит будущее дальше других, властью не обладают. Большинство из них замыкаются в своих одиноких размышлениях. Если бы ученые, объединившись, подняли свой голос! Но и будет ли он услышан?
Невеселые мысли обуревают знаменитого человека, когда он, стоя на палубе трехмачтового судна, плывущего в Швецию, прислушивается к свисту ветра в парусах, часами наблюдает, как вал за валом катятся свинцовые волны. Как сложится его пребывание в Швеции? Сумеет ли он там повлиять на отношение могущественной страны к Чехии, к братьям?
Море своей безмерностью напоминает Коменскому о великих вопросах бытия и в то же время о бесплодности одиночества (человек, затерянный в морских просторах, — прекрасная аллегория одиночества и отчаяния). Но тут же возникает мысль, что одиночество философа не бесплодно, ибо рождает истины, необходимые людям. Теперь, когда Ян Амос может без помех предаваться своим мыслям, он снова возвращается к беседе с великим отшельником, знаменитым французским естествоиспытателем и философом Рене Декартом, чье местонахождение скрывается от посторонних. Когда же Ян Амос оказался в Лейдене и выразил желание посетить Декарта, друзья устроили эту встречу и проводили его в уединенный замок Энджест, где мыслит и живет прославленный ученый и философ. Именно так — мыслит и живет, ведь это ему принадлежат крылатые слова, облетевшие весь мир: «Мыслю — следовательно, существую».
...Как только они вышли за черту города, показался силуэт замка, стоящего в живописном месте на зеленом холме. И вот Коменский со своими спутниками в молчании поднимается по лестнице, ведущей в покои Декарта. Невольно думает он об этом замечательном человеке. Восхищает блеск его ума, скептического, острого, беспощадного. Как и весь ученый мир, Ян Амос преклоняется перед математическими и физическими работами великого натурфилософа и естествоиспытателя. Декарт решительно пересматривает все установившиеся научные понятия. Для того чтобы объяснить явления природы, происхождение Земли и всего сущего, ему достаточно первого толчка, а затем все в природе движется, развивается по своим внутренним законам, объясняет он и выдвигает свою теорию эволюции мира.