Друзья вскоре догадались о чувствах Ампера, но некоторые из них боялись, что он путает истинную любовь и романтическую влюбленность. Свадьба была назначена на март 1806 года, но потом из-за различных обстоятельств была отложена на несколько месяцев, что даже вызывало недоумение друзей. В общем, близкие Ампера, узнав об этом счастливом событии, были несколько озадачены.
Задержка объяснялась неприемлемыми условиями, которые выдвинул зятю Жан-Батист Пото. В числе прочего ученый должен был погасить долг в 7200 франков за покупку мебели. Дежерандо пытался изменить контракт, но тщетно, и тогда Ампер от него отказался. Пото, опасаясь, что он откажется и от свадьбы, вызвал ученого к себе и сообщил ему о страданиях дочери, которая уже неделю отказывается от пищи. Это был самый настоящий шантаж. В результате Ампер согласился со всеми статьями контракта и подписал его 31 июля, несмотря на возражения Дежерандо. Свадьбу сыграли 1 августа, на ней присутствовали министр внутренних дел Шампаньи, начальник Политехнической школы генерал Лакюе, Лагранж и Деламбр. Мать Ампера на свадьбе не присутствовала, но в сентябре она написала сыну о своем желании «поскорее познакомиться с любимой Женни».
По условиям контракта супруги должны были жить с семьей Пото. Там, на улице Пуассоньер, они и поселились. Беды Ампера начались с брачной ночи: Женни сообщила Андре- Мари о своем нежелании иметь детей. Некоторые биографы утверждают, что она не испытывала никакого физического влечения к мужу, и это подтверждает мнение о том, что Пото устроили свадьбу исключительно из материальных соображений. Заявление Женни стало тяжелым ударом для человека, который хотел заново начать свою жизнь. Через два месяца после свадьбы жена Ампера все же забеременела. Узнав об этом, Женни решила ночевать в комнате матери. Ученый остался в одиночестве в маленькой комнатке на третьем этаже и видел жену только во время совместных трапез.
Из-за этой беременности родители Женни старались сделать жизнь зятя невыносимой. Они читали его письма, не пускали к нему гостей, и за семь месяцев его дом превратился в настоящую тюрьму. Ампер искал утешения в письмах к матери: «Разве ты не знаешь, что идеального счастья не существует?» — писал он в начале декабря 1806 года. Но главной проблемой было не презрение тестя и тещи, не душная, затхлая атмосфера их дома. Хуже всего было то, что жена отказывалась говорить с ученым и во время трапез ограничивалась кивками головой. Ампер описал ситуацию в нескольких строчках, адресованных Мену де Бирану в марте 1807 года: