В эти годы сложилась и развивалась стройная система подготовки и повышения квалификации профессорско-преподавательского и научного состава, основными элементами являлись: академические курсы подготовки преподавателей, их стажировка в войсках или на родственных кафедрах других вузов, участие в учениях войск, в военно-научных конференциях. В 1987 г. за военно-теоретический труд «Стратегическая операция по отражению воздушно-космического нападения противника» группа ученых академии была удостоена премии государственного комитета по образованию «За лучшую научную работу по специальной тематике».
В 1997 г. академия переведена на двухлетний срок обучения слушателей. Был сокращен командно-штабной факультет и сформирован новый факультет автоматизированных систем управления для подготовки офицеров с высшим военно-специальным образованием. Зенитный, ракетный, авиационные факультеты и факультет радиотехнических войск были объединены в факультет противовоздушной обороны.[262]
В связи с переходом Военной академии противовоздушной обороны Сухопутных войск им. Маршала Советского Союза А.М. Василевкого в состав Вооруженных Сил Украины распоряжением Президента Российской Федерации от 31 марта 1992 г. № 146 была образована Военная академия противовоздушной обороны сухопутных войск Российской Федерации на базе Смоленского высшего инженерного училища радиоэлектроники ПВО сухопутных войск. Ёе открытие состоялось 1 сентября 1992 г. В 1998 г. академия была переформирована в Военный университет войсковой ПВО (г. Смоленск).[263] В стенах высшего учебного заведения осуществлялась подготовка офицерских кадров для соединений, воинских частей и подразделений ПВО Сухопутных войск, ВДВ, береговых войск ВМФ, а так же для подразделений и частей ПВО, других видов и родов ВС РФ.
Приказом Главнокомандующего ОВС СНГ от 21 февраля 1992 г. было определено создание Санкт-Петербургского высшего училища радиоэлектроники (СПВУРЭ) ПВО на фондах расформированного Ленинградского высшего военно-политического училища имени Ю.В. Андропова путем переформирования выведенного Вильнюсского высшего командного училища радиоэлектроники ПВО.[264] Основные мероприятия по формированию были завершены к 22 июля 1992 г.
В 1992 г. Ставропольское училище летчиков и штурманов было преобразовано в высшее авиационное инженерное училище, в связи с чем, Армавирское высшее военное авиационное училище летчиков начало подготовку летчиков-штурманов.
С 1 сентября 1993 г. начал функционировать в п. Кубинка (Московская область) филиал Пушкинского военного училища радиоэлектроники ПВО им. Маршала авиации Е.Я. Савицкого. Постановлением Правительства РФ № 777 от 5 июля 1994 г. филиал был переформирован в Московское высшее училище радиоэлектроники ПВО (вместо Житомирского) для подготовки кадров войск ракетно-космической обороны, и др.