Немецкие войска вошли в город 1 мая, а спустя день было организовано управление Севастополем. Губернатором назначили командира 4-й баварской кавалерийской дивизии генерал-майора барона Эгглофстейна, комендантом — полковника фон Ашауэра, военным полицмейстером — обер-лейтенанта А.Аппеля. Штаб и комендатура разместились в гостинице Киста. Офицеры выбрали для проживания «Драгониго», «Бристоль», «Северную», «Россию» и благоустроенные квартиры в центре города. Неприятелю достались значительные трофеи: склады и магазины с большим количеством боеприпасов, оружия, военного обмундирования и других материальных ценностей. В бухтах стояли корабли ЧФ: 7 линкоров, 3 крейсера, 12 эсминцев, 15 подводных лодок, 5 плавучих баз, 3 румынских вспомогательных крейсера, несколько крупных торговых судов, учебных кораблей, минных заградителей и т.д. На всех судах, по приказанию новых властей, были спущены украинские и подняты германские флаги.
Немцы прочно обосновались не только в Севастополе, но и на всем полуострове. Это вызывало горькое чувство оскорбленного национального достоинства, но к нему странным образом примешивалось, как вспоминал очевидец, облегчение: «Мы были бы убиты «нашими», теми, против кого воюют наши враги немцы. А теперь мы успокоенно вздыхаем от того, что «наши» ушли, а пришли враги... Чистые, прочно обутые и одетые солдаты, каких уже давно не приходилось видеть, пушки, блестящие на солнце, обозные фуры, запряженные рослыми, сытыми лошадьми. Во всем чувствовалась сила, власть и порядок, которые несли к нам, измученным анархией, наши завоеватели».
Подчинение Крыма своей власти для Германии имело особое значение. Во-первых, как писал генерал Альфред Краус, «Германия хотела бы закрепить за собой самый безопасный путь на Месопотамию и Аравию... Путь на Восток идет через Киев, Екатеринослав, Севастополь, откуда начинается морское сообщение на Батум и Трапезунд». Во-вторых, для истощенной войной империи были не лишними крымское продовольствие и имущество. В конце мая по распоряжению командующего оккупационными войсками генерала Коша, Крым был объявлен на военном положении. Принято постановление, в соответствии с которым гражданское население объявлялось подсудным германским военно-судебным учреждениям в случае выступлений против германских войск, оккупационных властей, неисполнения их распоряжений и приказов. В постановлении, в частности, говорилось: «Кто, не имея выданного германскими военными властями на то разрешения, держит у себя или скрывает оружие и амуницию, или оказывает в этом содействие другому лицу, подвергается смертной казни, в более же легких случаях заключению в тюрьму на срок не менее 6 месяцев или же в исправительные арестантские отделения». Аналогичные наказания предусматривались за порчу средств коммуникации, связи, транспорта, различного рода припасов.