Кроме офицеров и чиновников, в состав комиссии включались 3-5 представителей казахской аристократии.
В силу ранее отмечавшейся специфики положения края, Оренбургская пограничная комиссия, как распорядительный и исполнительный орган, сочетала в себе функции губернского правления, палат уголовного и гражданского судов и казначейства по управлению оренбургскими "киргизами", то есть казахами бывших Малой и Средней Орды.
Комиссия занималась административным и хозяйственным управлением подведомственными ей населением и территориями, по ее представлениям, главными начальниками края назначались и смещались султаны-правители, при каждом из которых находился чиновник генерал-губернатора и двухсотенный казачий отряд в качестве реальной военно-полицейской силы, с помощью которой султаны-правители проводили в жизнь политику российского правительства, а также старшины родов и отделений и другие должностные лица из числа казахов.
Помимо этого ОПК решала вопросы отведения кочевок отдельным родам, раскладывала и взимала государственные налоги, рассматривала уголовные и гражданские дела, разбирала взаимные претензии, возникавшие между казахами.
Суммируя эти функции можно сказать, что на пограничную комиссию возлагалась задача привнесения и утверждения в казахской степи основ российской государственности.
Несмотря на столь пространный перечень задач комиссии, наряду с ними решались также и разведывательные, а позднее - и контрразведывательные задачи.
ОПК состояла из 4 отделений: исполнительного, судного, уголовного и счетного; каждое из которых, в свою очередь, делилось на "столы", ведавшие конкретными участками работы внутри отделений.
Первый "стол" исполнительного отделения комиссии занимался всеми политическими делами: вопросами дипломатических сношений, получал, собирал и изучал сведения о положении в сопредельных странах. И именно он же организовывал разведывательную работу и обрабатывал получаемую информацию, готовил на ее основе сообщения генерал-губернатору и в соответствующие инстанции в Петербург.
Вся поступавшая в ОПК по различным каналам и из различных источников информация представлялась председателю комиссии. По его указаниям она обобщалась и систематизировалась и не реже трех раз в месяц рапортами или докладными записками представлялась главному начальнику края.
Непосредственно же разведывательную и контрразведывательную работу "под прикрытием" официальных должностей ОПК вели "попечители прилинейных киргизов", т.е. чиновники, занимавшиеся всеми делами по управлению выделенными районами и проживавшие в населенных пунктах "военной линии", а также переводчики ОПК.