Иерархия ордена иоаннитов — рыцари, священники и братья-госпитальеры — была утверждена римским папой позднее, в 1259 году. Дальнейшие привилегии были предоставлены ордену папами Адрианом IV, Александром III, Иннокентием III, а папа Климент IV присвоил главе ордена титул великого магистра Святого Госпиталя Иерусалимского и настоятеля Рати Христовой.
Со временем сеть гостеприимных домов и госпиталей расширилась. Паломников из Европы обеспечивали охраной, лечением, жильем, едой. Вторая главная задача рыцарей-иоаннитов — борьба с неверными — предполагала участие ордена в военных походах и оборону государств крестоносцев, образованных на Востоке. Легендарными стали за́мки иоаннитов в Палестине и их беспримерная оборона. Так, в 1136 году граф Раймунд II Триполийский поручил рыцарям-иоаннитам оборону крепости Бет Джибелин, прикрывавшей подступы к портовому городу Аскалон на юге Палестины. Рыцари успешно выдержали испытание, и граф передал иоаннитам еще несколько своих крепостей.
Орден иоаннитов стремительно разрастался. Уже через несколько лет в нем состояло около полутысячи членов, которые успешно обороняли только в Леванте более пятидесяти крепостей. Во многих приморских городах Востока, Византии и Западной Европы иоанниты открыли странноприимные дома-госпитали. Иоаннитские крепости располагались почти на всех дорогах паломников — в Акре, Сайде, Тортозе, Антиохии — от Эдессы до Синая. Главными крепостями ордена иоаннитов на севере Палестины были Крак де Шевалье и Маргат, на юге — замки Бельвер и Бет Джибелин.
Для строительства своих сооружений иоанниты выбирали места, доминировавшие над прилегающей местностью, что позволяло контролировать всю территорию в радиусе нескольких километров. Арабский автор, описывая крепость Бельвер, сравнивал ее с орлиным гнездом. В крепостях и за́мках иоанниты, как правило, строили вторую линию укреплений. Так, крепость Крак де Шевалье, находившаяся на склоне ливанских гор, в 1144 году переданная иоаннитам тем же графом Раймундом Триполийским, имела построенные рыцарями мощные двойные стены с высокими башнями и рвом, пробитым в скалах. Внутри крепости (общей площадью около трех гектаров) находились жилые здания: казармы, палата великого магистра, амбары для зерна, мельница, пекарня, маслобойня, конюшни. В крепость был проложен акведук, по которому постоянно поступала питьевая вода в объеме, достаточном для двухтысячного гарнизона. Но как ни была надежна защита крепости и мужество иоаннитов, силы врага, бывало, оказывались настолько значительны, что иногда их численность превосходила численность иоаннитов в десятки раз. И при этом ни одна из крепостей не была сдана без боя!