Новоявленный оберфюрер СС с головой уходит в доверенную ему работу над замком, уделяя много сил и времени новому церемониальному центру и его «правильному служению» нацистскому делу. Сохранились планы расширения замка и превращения его в целый ансамбль, подготовленные Виллигутом. Они предполагают перемещение окружающих деревень на значительное расстояние и строительство грандиозного архитектурного комплекса — залов, галерей, башен и башенок, крепостных стен, выполненных в форме полукруга. Гиммлер мечтал о создании своеобразного Ватикана СС. Этот визионерский город должен был служить также центром возрождения древней религии и традиций, первоначально открытых Виллигутом в 1930-х годах.
Видимо, вследствие интриг и козней завистников Виллигут был отправлен в отставку. Под него «копал» адъютант Гиммлера Карл Вольф. В ноябре 1938 года он разыскал в Зальцбурге Мальвину Виллигут и получил от нее документы, ставшие известными Гиммлеру и весьма смутившие его. В феврале 1939 года Вольф информировал кабинет Виллигута о том, что тот уволен на основании собственного прошения по причине возраста и слабого здоровья, а его служба распущена.
Другая версия увольнения Вейстхора — ему нашли замену. К 1939 году «Аненербе» уже располагало 50 институтами, руководимыми профессором Вурстом, специалистом по древним культовым текстам, в прошлом завкафедрой санскрита Мюнхенского университета. В это же время СС продолжали наблюдать за Виллигутом, хоть он уже был и в отставке, а последние годы его жизни прошли в безвестности и скитаниях по военной Германии. Третьего января 1946 года Карл Мария Виллигут умер, последний в своем таинственном роду.
Тем временем в «Аненербе» происходят структурные изменения, и организация переходит под патронат «Черного ордена». Секретарем-управляющим был назначен штандартенфюрер СС Вольфрам Зиверс (1905–1945), бывший продавец книг. Это был огромный чернобородый человек с пронизывающим «мефистофельским» взглядом. Он сознательно поддерживал имидж посвященного во многие таинства, считая, что это лучший способ продемонстрировать особое положение в «Черном ордене». Вольфрам Зиверс руководил «Аненербе» до самого конца Второй мировой войны и именно в этом статусе предстал перед Нюрнбергским трибуналом.
Имея 50 институтов, служба «Аненербе» широко развернула свою деятельность, на которую Гиммлер не жалел средств. Исследования общества охватывали огромную область: от научной деятельности в собственном смысле слова («Аненербе» курировало проект «оружия возмездия» и, среди прочего, программу создания баллистических ракет «Фау») до изучения практического оккультизма, от экспериментов над заключенными концлагерей до шпионажа за тайными обществами. Изучались «сила розенкрейцеровского содружества, символизм ирландской арфы из Ольстера, тайное значение готических башен и итонских высоких шляп». Однако на общем фоне самых сумасшедших проектов выделялись несколько приоритетных направлений. Среди таких можно назвать археологические изыскания. Начиная с 1938 года, все археологические раскопки в Третьем рейхе проводились только с ведома «Аненербе». Под непосредственным контролем этой организации, к примеру, изучались укрепления викингов IX века, осуществлялась охрана древних поселений и курганов на оккупированных территориях Украины.