В первые десятилетия XVII века появляются произведения розенкрейцеров, которые вызывают сомнения в религиозной ортодоксальности ордена у лютеран и ярые нападки со стороны католиков. Розенкрейцеров начинают обвинять в связи с дьяволом, колдовстве, подозревают, что они склоняют доверчивых людей к занятиям магией, пагубным для души. И конечно, среди прочих обвинений — вольнодумство.
Считается, что обществу розенкрейцеров принадлежит немалая роль в основании научных заведений: например, Грешэм-колледжа, а в 1662 году — и английского Королевского общества, первой в Европе Академии наук. Передаваемые знания облекались в мистическую и магическую внешнюю оболочку — так в ту пору происходило формирование новых научных идей, основ передового мировоззрения наступающей эпохи Просвещения.
В Англии XIX века бытовало стойкое убеждение, что главой ордена розенкрейцеров одно время был и Фрэнсис Бэкон. Писательница миссис Потт и ее единомышленники выдвинули гипотезу, согласно которой Фрэнсис Бэкон изложил идеалы братства розенкрейцеров в 1624 году в своей утопии «Новая Атлантида». Утверждалось даже, будто научное наследие розенкрейцеров Бэкон передал масонам. В «Новой Атлантиде», как считается, приводятся символы розенкрейцеров, которые потом у них позаимствовали масоны: угломер, солнце, луна, звезда, куб.
К розенкрейцерам традиционно относят и другого великого ученого — Рене Декарта. Считается, что он умер в 1650 году. Однако сохранилось письмо от шведской королевы Кристины — его многолетней покровительницы, — будто бы датированное 27 февраля 1652 года (или 1654 года). Королева Кристина пишет, что намерена, как и сам Декарт, оставить мирскую жизнь. Некоторые ученые в начале XX века на основании этого документа высказывали сомнение в правильности принятой даты смерти философа. О розенкрейцерах Декарт отзывался так: если они шарлатаны, то заслуживают разоблачения, но если в их учении есть хоть капля истины, пренебрегать ею неразумно. Как полагают некоторые историки, Декарт вступил в орден розенкрейцеров во время своих странствий по Германии и Нидерландам. А протекцию ученому составил его друг, математик Фаульхабер.
Начиная с XVI века, легенда о розенкрейцерах переплелась со сказаниями об истории астрологии.
Информация о братстве розенкрейцеров на европейских просторах, где говорят по-немецки, впервые появляется в Чехии — там была создана пражская ложа «Голубая звезда». Ее члены утверждали, что прошли посвящение и были приняты в некое мистическое общество. А вот о самом обществе, куда они были приняты, известно лишь то, что некогда его основала группа ткачей. Правда, сами ткачи, как утверждалось, получили посвящение от «настоящих розенкрейцеров». Одним из тех, кто вступил в орден, был немецкий теософ Франц Гартман, вошедший позднее в состав