Дело начало клониться к смене руководства. И такая кандидатура нашлась. Вступивший в ряды иллюминатов в 1779 году Книгге вскоре приобрел среди других членов авторитет, не уступающий влиянию самого Вейсгаупта. Книгге весьма активно и успешно занимался проникновением иллюминатов в ряды масонства, но по своим взглядам явно расходился с Вейсгауптом, отвергая и его просветительские планы, и антиклерикальные тенденции. Книгге были ближе оккультные и мистические элементы в воззрениях масонов «строгого послушания». В отличие от основателя ордена, он считал, что нет нужды ускорять крушение этого направления в масонстве, что куда разумнее привлечь на сторону иллюминатов его руководителей, вплоть до самого герцога Фердинанда Брауншвейгского. Поводом для разрыва Книгге и Вейсгаупта стали попытки первого заимствовать у католицизма символическую процедуру, которую он предлагал ввести для возведения иллюминатов в высшие степени. В июле 1784 года Книгге вышел из ордена.
Все это привело к тому, что общество стало терять свое главное свойство — секретность. Просочившиеся за стены ордена сведения о деятельности иллюминатов обрастали нелепыми слухами. Благосклонность императора Иосифа II к иллюминатам стала расцениваться как часть постоянных и настойчивых попыток Габсбургов присоединить Баварию к своим владениям. К тому же один из членов ордена донес баварским властям о подобном намерении. Это была провокация, ложь, не имеющая ничего общего с действительностью, однако ее хватило для того, чтобы баварский курфюрст Карл Теодор издал указ о роспуске обществ, не разрешенных правительством, как вызывающих подозрения и опасения. И сразу же печать заполонили статьи, обличающие иллюминатов. Вейсгаупт бежал из Баварии. Новый указ курфюрста от 2 марта 1785 года был направлен именно против иллюминатов — теперь на территории Баварии их деятельность строжайше запрещалась. Руководство ордена было выслано из Баварии.
Более того, власти решили ознакомиться с архивом иллюминатов, часть которого была изъята при обыске в 1786 году и предана огласке. Публикация стала настоящей сенсацией. Вейсгаупт, Книгге и иллюминаты-последователи пытались через печать защитить репутацию ордена, но противники отвечали десятками обличительных памфлетов, которые выходили в Германии, Англии, Франции и в других странах.
Эта травля постепенно переросла в истинную истерию. Власти предприняли настоящий поход не только против иллюминатов, но и против всех, кто мог быть заподозрен в сочувствии идеям Просвещения. Иллюминатов лишали кафедры, увольняли с государственной службы, иногда даже подвергали аресту и заключали в тюрьму. Орден иллюминатов якобы еще действовал, будучи восстановлен после 1785 года, но письменных, документальных доказательств этому не найдено, не сохранилось даже следов этой организации. Сам А. Вейсгаупт избежал сколько-нибудь серьезных преследований и по возвращении стал советником герцога Саксен-Готского.