Его реакция закономерна. Как депутат, народный избранник, он был бы для России более полезен, чем представитель партии власти. В Государственной Думе второго созыва Глотов вместе с Сергеем Бабуриным организовал внефракционное объединение «Анти-НАТО», которое установило связи с парламентами многих государств, чтобы совместно противостоять продвижению НАТО на Восток, к рубежам России, и принятию антироссийских законов. По словам Глотова, «в объединение входило 302 депутата, оно имело конституционное большинство и фактически по всем важнейшим законопроектам, например, о ратификации договора СНВ-2, результаты были известны заранее. Они были известны американцам, западникам, потому что было ясно: депутат, поставивший подпись под программным заявлением Анти-НАТО, будет голосовать против того, чтобы разоружаться в одностороннем порядке».
Ясно, что режиму не очень-то улыбалось иметь в Думе столь активного депутата, противостоящего разрушительной политике ельцинского Кремля. И здесь настроения «партии власти» совпадали с желанием руководства КПРФ, которому не хотелось иметь в Думе депутата, на фоне деятельности которого будет ярко высвечиваться собственное соглашательство. Поэтому надо было не допустить его прихода в Думу.
Особенно наглядно и безнравственно эта линия руководства КПРФ проявилась в противодействии избранию Сергея Бабурина—лидера Российского общенародного союза (ныне — партии национального возрояедения «Народная воля»). Трижды на выборах он шел в Омске по одномандатному округу, трижды против него выставлял свою кандидатуру первый секретарь Омского обкома КПРФ Александр Кравец и трижды с треском проваливался. Побеждал Сергей Бабурин. Кравец выставил свою кандидатуру в четвертый раз — в 1999 году, и хотя даже омские коммунисты требовали, чтобы он снял ее, так как депутатский мандат ему обеспечен по списку КПРФ, он не сделал этого и проиграл в четвертый раз. Но свою роль — помешать Бабурину — выполнил. Депутатом стал пивной и водочный «король» Омской области по фамилии Веретено, который впоследствии утонул в Иртыше при загадочных обстоятельствах.
26 марта 2000 года в двух подмосковных округах прошли повторные выборы в Государственную Думу третьего созыва. В 108 Мытищинском округе баллотировался председатель Российского общенародного союза, в 110 Одинцовском — заместитель председателя РОСа Виктор Алкснис. И у того, и у другого оказалось множество соперников, борьба проходила остро, и, как ни странно, наибольшей активностью в их очернении отличались некоторые деятели КПРФ. Странно — потому, что, казалось бы, Компартия Российской Федерации, претендующая на исключительное право говорить от имени всего народа, должна бы поддерживать настоящих, проверенных не только в деле, но и в боях патриотов Отечества. Однако именно организации КПРФ делали все, чтобы не пропустить их в Думу, и для этого использовались самые гнусные приемы. Особенно злобствовали они в отношении Сергея Бабурина.