В июле 2005 года, когда еще продолжалось расследование обстоятельств этого дела, в компании «Водафон-Панафон» были заменены два из трех серверов, которые использовались для управления сотовой сетью. На них были затерты регистрационные журналы, и вопреки действовавшим требованиям для них не были сделаны резервные копии. Потом истек полугодовой срок хранения журналов, в которых фиксировался проход посторонних лиц на территорию компании «Водафон-Панафон» за период, когда было обновлено шпионское программное обеспечение, и возник сбой в доставке текстовых сообщений.
Следы установки шпионского программного обеспечения могли бы сохраниться на коммутаторах компании «Водафон-Панафон». Однако из-за нехватки на них места регистрационные журналы хранились всего 5 дней и потом стирались. А слишком поспешная деактивация шпионского программного обеспечения 7 марта 2005 года наверняка послужила предупредительным сигналом для злоумышленников. В результате следователи так и не смогли воспользоваться возможностью засечь с помощью триангуляции мобильные телефоны, на которые дублировались подслушиваемые телефонные разговоры.
С другой стороны, компанию «Водафон-Панафон» можно понять. Расследование расследованием, а бизнес есть бизнес. Так же, как и полицию, которая могла бы конфисковать у компании «Водафон-Панафон» все оборудование, вовлеченное в инцидент, но не стала этого делать из-за опасений нарушить работу сотового оператора. Допросы персонала компании «Водафон-Панафон» и изучение данных, предоставленных самой компанией, какого-либо заметного результата не дали.
Что касается смерти Цаликидиса, то по этому поводу мнения разошлись. Одни утверждали, что Цаликидис покончил жизнь самоубийством, поскольку его причастность к прослушке вот-вот должна была стать достоянием гласности. Другие считали, что он выявил злоумышленников или был на пороге их разоблачения и потому был убит.
«Афинское дело» породило различные спекуляции на тему о том, кто был заказчиком прослушки в сотовой сети компании «Водафон-Панафон». В первую очередь подозрение пало на компанию «Интраком», которая продавала телекоммуникационное оборудование компании «ОТЕ», основному поставщику услуг связи в Греции. Большинством акций «ОТЕ» владело греческое государство. Поэтому у коммерсантов из «Интраком» был повод интересоваться телефонными разговорами руководителей правящей элиты в Греции: некоторые выгодные сделки с «ОТЕ» были заключены еще при прежнем правительстве, и в «Интраком» наверняка желали знать, не будут ли они сорваны при новом. А подслушивание членов организаций по защите гражданских прав, борцов за мир и антиглобалистов могло быть специально организовано, чтобы направить расследование по ложному следу.