И тут мы видим взаимодействие военной разведки в лице Аралова с военными контрразведчиками.
Уже 4 января 1919 года Кедров издал приказ, предписывающий объединить военные отделы ВЧК и Военный контроль в рамках Особого отдела ВЧК. Двойственность системы военной контрразведки была таким образом ликвидирована. В том же году начальником Особого отдела ВЧК по совместительству стал сам председатель ВЧК Феликс Дзержинский. Таким образом, он взял на себя непосредственное руководство органами военной контрразведки.
В период «На той единственной Гражданской…» военными контрразведчиками было ликвидировано большое количество заговоров, в которых участвовали противники советской власти.
Все местные ЧК в зонах военных действий подчинялись особым отделам соответствующих армий и действовали совместно с ними. Весной 1919 года в связи с резким обострением обстановки на фронтах: наступление Юденича на Петроград, белофинской «Олонецкой добровольческой армии» со стороны Карелии и польских войск на Лиду, Барановичи и Вильнюс резко усилилась деятельность контрреволюционных организаций. Они организовывали забастовки на военных заводах Москвы, Петрограда и других крупных промышленных центрах, мятежи в гарнизонах. Участились случаи предательств на фронтах.
С учетом сложившейся тяжелой обстановки 31 мая Дзержинский подписал воззвание «Берегитесь шпионов!». Этим документом он призывал острее реагировать на провокации, повышать бдительность, активнее действовать в выявлении шпионов, диверсантов, террористов и заговорщиков. Размноженный ротапринтами текст воззвания доводился до сведения личного состава — от бойцов до командиров всех степеней.
С учетом этого 15 июня ЦК партии обязал Особый отдел ВЧК на всех фронтах без исключения, но особенно на Западном и Южном, провести глубокую проверку командного состава, железнодорожных служащих, технического персонала. Большую помощь армейским чекистам оказывали военнослужащие и местное население. Вот несколько примеров.
Так, учительница 74-й московской школы сообщила в ОО ВЧК, что у директора школы Алферова часто собираются неизвестные лица, причем посещают его квартиру с явными признаками конспирации. В ходе операции задержанные оказались курьерами Деникина.
Петроградские особисты вышли на след контрреволюционной организации, которая вывела их на «Национальный центр» в Москве. В ночь на 29 августа чекисты провели операцию по ликвидации центра и аресту его участников.
В ноябре Особый отдел 7-й армии и Петроградская ЧК разоблачили крупный заговор, во главе которого стояли английский разведчик Поль Дюкс и начштаба 7-й армии бывший полковник Люндеквист.