И все-таки разгром армии Дария в этом секторе вскоре стал просто катастрофическим. Многие из всадников-беглецов были тяжело вооружены. Места для маневра было мало, потому некоторые из них отбрасывали свое оружие, пытаясь спастись. Некоторые были стиснуты своими сотоварищами так плотно, что не могли пустить в ход оружие, потому большей частью все они были совершенно беспомощны, когда их настигли македонские конники. Толпы отступающих персов устроили давку в узости горного дефиле, по которому они бежали с ноля боя. В усилившейся панике многие из отступавших были затоптаны насмерть конями. Конница Пармениона, уже пришедшая в себя, теперь ни на минуту не ослабляла давления на задние ряды бежавшей персидской армии.
Эта монета с изображением якоря датируется примерно 350 г. до н. э., то есть вполне вероятно, что она чеканилась при жизни Александра. В отличие от некоторых других изображений древних якорей, этот образец имеет вполне современный вид с лапами и выдвижным штокам. Несколько необычно это выглядят толстые лапы якоря, но удержать корабль на месте мог только тяжелый якорь, потому вполне вероятно, что на каком-то этапе его пытались отлить именно в такой форме. Когда во время осады Тира Александр поставил на якорь свои суда, возможно, что они использовали якоря и такого типа.
Дарий не стал ждать полного разгрома своего войска, видя поражение правого крыла. Тем более, что заметив колесницу Дария, Александр со своими людьми бросился вперед, стремясь захватить персидского царя. Брат Дария Оксатр, начальник придворной конницы, ринулся на защиту. Начался жестокий бой. Сам Александр был ранен в ногу (как утверждают, самим персидским царем). В этот момент возникла опасность, что лошади колесницы Дария понесут ее прямо на вражеских воинов. Дарий, забыв о церемониале, сам ухватился за поводья. Кто-то из телохранителей нашел для него легкую колесницу. Царь пересел в нее и бежал с поля боя. Колесница несла его достаточно быстро, пока он отступал по равнине. Но как только дорога увела его в горное ущелье, персидский царь бросил колесницу и пересел верхом на лошадь. Вместе с колесницей он бросил все свои царские регалии, по которым его можно было узнать. Все они вместе с его щитом и луком достались Александру. Сумерки сохранили персидского царя от неустанного преследования Александра.
Древние историки говорят, что при Иссе погибло 100 тысяч пехотинцев Дария и 10 тысяч кавалеристов. Если это так, то, очевидно, что большая часть из них погибла во время бегства, последовавшего после боя, — ситуация нетипичная для древних войн. Отмечается, что Александр в ходе сражения сознательно отказался от преследования врага (бегущего Дария), чтобы помочь находившейся в трудном положении македонской фаланге. Однако после победы было еще достаточно светло, чтобы устроить многочасовое преследование отступавших.