Штраус защищался самоотверженно и изобретательно. В поразительно короткий срок — в течение одного года — он издал три сборника «Полемических заметок», специально посвященных защите «Жизни Иисуса». Нужно отдать Штраусу должное — в этих трудных условиях его теоретическая принципиальность не вылилась в догматическое упрямство. Он не только разъяснял и отстаивал, но и уточнял и дорабатывал свою концепцию. В новых изданиях он пытается более органично связать историческую часть с теологическими выводами; он использует и Шлейермахера, соглашаясь с тем, что религию питают также и психологические факторы; им принимаются в расчет ряд замечаний гегельянцев; наконец, у Штрауса хватает сил для написания и издания новых работ, в том числе двухтомного «Христианского вероучения» (1840–1841), в котором он продолжил свои теоретические разработки (и, между прочим, скрестил шпаги с быстро обретающим популярность Л. Фейербахом). И тем не менее по-своему увлекательная обстановка полемики не могла снять тяжести изоляции. Особенно трудно переживал Штраус отрыв от педагогической деятельности. Возможно, в силу этих обстоятельств в бурный 1848 год он пробует силы в политике, избирается депутатом Вюртембергского собрания. Опыт оказался неудачным (хотя, как увидим ниже, и не бесполезным).
Спасительным выходом из затруднений казалось предложенное ему место профессора церковной истории и догматики в Цюрихском университете. Приглашение объяснялось тем, что в кантоне к власти в начале 40-х годов пришли либеральные силы, которые стремились расширить гражданские права, улучшить дело образования, обеспечить религиозную свободу и в этом плане сочли кандидатуру Штрауса вполне для себя приемлемой. Однако хотя университет и кантональное правительство приняли решение о зачислении Штрауса на должность, мобилизованная клиром общественность не позволила ему занять ее. Церковью была развернута широкая антиштраусовская кампания в прессе, составлялись петиции, публиковались памфлеты — одним словом, были приведены в действие все существовавшие в то время рычаги манипулирования массовым сознанием. Завершилась кампания своеобразным референдумом (мнение граждан выявляли священнослужители), в ходе которого почти 40 тысяч человек высказались против Штрауса и лишь тысяча с небольшим — «за». Таким образом, демократический механизм был умело использован для того, чтобы не пустить в Цюрихский университет профессора, образ мысли которого отклонялся от оберегаемых стандартов.
Штраус окончательно становится свободным писателем, живущим литературным трудом. Он пробует силы в разных жанрах: пишет литературоведческие статьи, рецензии, весьма квалифицированные работы о музыке, изредка выступает по вопросам политики. Однако наиболее значимы его исследования творческих биографий личностей, утверждавших себя в борении против политических, религиозных, культурных стереотипов и рутины. Как правило, это фундаментальные по объему, богатейшие по материалу и концептуально продуманные работы. Таковы книги, посвященные мало известному швабскому поэту Шубарту, берлинскому теологу-гегельянцу Мерклину, Ульриху фон Гуттену, Реймарусу, крупному немецкому гуманисту и поэту Фришлину. На первый взгляд, налицо отход от прежней тематики, но это не совсем так. Видимо, не случайно внимание Штрауса привлекают личности, так или иначе вовлеченные в реформационный процесс или религиозную критику (даже Шубарт импонировал ему своим бунтарским антиклерикализмом). Штраус задумал новые крупные исследования, посвященные Лютеру и Цвингли, но неожиданно обратился вновь к «Жизни Иисуса» и в 1864 году выпустил в свет ее обновленный вариант под названием «Жизнь Иисуса, обработанная для немецкого народа».