- отдел N 5 (главный конструктор С.Е. Рашков) -- проектирование управляемых зенитных ракет Р-102 среднего радиуса действия и воссоздание немецких ракет "Шметтерлинк" и "Рейнтохтер";
- отдел N 6 (главный конструктор П.И. Костин) -- проектирование неуправляемых твердотопливных и жидкостных зенитных ракет Р-103, Р-110, дальностью по высоте до 15 км, в том числе на базе не доведенной до принятия на вооружение немецкой твердотопливной ракеты "Тайфун";
- отдел N 8 (главный конструктор Н.Л. Уманский) -- специальный отдел ЖРД, на высококипящих окислителях для зенитных ракет с испытательной станцией и экспериментальным цехом;
- отдел N 9 (главный конструктор A.M. Исаев) -- отдел ЖРД для зенитных ракет. Этот отдел был создан в 1948 году на базе коллектива, переведенного из НИИ-1.[1]
Второй крупной структурной единицей в НИИ-88 был блок научных отделов, подчиненных главному инженеру Победоносцеву. Основными были:
отдел "М" -- материаловедения (начальник В.Н. Иорданский);
отдел "П" -- прочности (начальник В.М. Панферов);
отдел "А" -- аэродинамики и газодинамики (начальник Рахматулин);
отдел "И" --испытаний (начальник П.В. Цыбин);
отдел "У" --систем управления (начальник Б.Е. Черток).
Завод был третьим и во многом определяющим структурным блоком НИИ-88.
Вместе с советскими инженерами разработкой ракетного оружия занимались и немецкие специалисты. По оценке М.Д.Евтифьева, всего в НИИ-88 работало 183 немецких специалиста, из них большая часть в филиале 1 НИИ-88 на острове Городомля на озере Селигер. Прикомандированные к отделам НИИ-88 немецкие специалисты были распределены следующим образом:
- отдел 3 СКБ НИИ-88 С.П.Королёва - 1 человек;
- отдел 4 СКБ НИИ-88 Е.В.Синильщикова - 3 человека;
- отдел 5 СКБ НИИ-88 С.Е.Рашкова - 3 человека;
- отдел 6 СКБ НИИ-88 П.И.Костина - 3 человека;
- отдел 8 СКБ НИИ-88 Н.Л.Уманского - 30 человек;
- отдел 16 НИИ-88 Б.Е.Чертока - 19 человек. [3]
Согласно Постановлению от 13 мая 1946 года для испытаний техники в интересах всех министерств, занимающихся реактивным вооружением, создается Государственный центральный полигон. Именно ему было суждено стать первопроходцем в испытаниях ракетных комплексов. Первым начальником ГЦП назначили генерал-лейтенанта Василия Вознюка.
Строительству полигона придавалось большое государственное значение. Специально созданная в сентябре 1946 г. государственная комиссия провела рекогносцировку семи возможных районов места его дислокации. К марту 1947 г. после углубленной технико-экономической оценки комиссия пришла к заключению, что наиболее оптимальны два района: станица Наурская Грозненской области и село Капустин Яр Сталинградской области. При этом до июня 1947 г., как свидетельствуют архивные документы, предпочтение отдавалось станице Наурской. В одной из докладных записок маршала артиллерии Николая Яковлева говорилось: "Строительство ГЦП в районе станицы Наурской дает возможность проложить трассу испытаний до 3000 километров и обеспечить проведение испытаний не только ракет дальнего действия, но и всех видов сухопутных зенитных и морских реактивных снарядов. Этот вариант потребует наименьших материальных затрат на переселение местного населения и по переводу предприятий в другие районы". Против строительства полигона в Наурской выступил только министр животноводства Козлов, мотивировавший свой протест необходимостью отчуждения значительной части пастбищных земель. Тем не менее в июле 1947 г. постановлением правительства СССР N 2642-817 местом дислокации полигона был определен Капустин Яр.