Восстание началось 4 июля 1916 года в городе Ходженте Самаркандской области, откуда распространилось почти по всему Русскому Туркестану. Пользуясь тем, что большинство русского мужского населения было призвано на войну, на нужды которой было также реквизировано почти всё оружие, восставшие нападали на русские деревни, сжигали их, грабили русское имущество, а в некоторых местах (особенно в Семиречье) поголовно истребляли или угоняли в плен русских поселенцев. 17 июля Туркестанский военный округ был объявлен на военном положении. Для подавления восстания были направлены правительственные войска, которым содействовали местные казачьи и поселенческие ополчения. Летом-осенью 1916 года войска потеряли убитыми, ранеными и пропавшими без вести 259 человек. Погибло 7 русских и 22 туземных чиновника. Больше всего пострадали русские колонисты в Семиречье – 1905 из них были убиты и 1105 пропали без вести. Эти события ярко описаны в воспоминаниях отца Евстафия Малаховского, настоятеля Покровского храма в селе Покровское в тридцати пяти верстах от Пржевальска на южном берегу озера Иссык-Куль:
«В 1916 году в Семиреченской области вспыхнуло восстание киргизов. Киргизы, воспользовавшись тем, что Россия была втянута в мировую войну, и оправдываясь тем, что государственная власть стала призывать их к тыловой службе, подняли восстание. Пренебрегая тем, что Россия в значительной степени улучшила за эти годы их положение, они предпочли в трудный для страны час жестокий грабеж и безграничный разгул страстей мирной, созидательной жизни.
10 августа киргизы внезапно, одновременно (значит, у них был заговор) напали на беззащитные русские селения всего уезда, угнали скот, который был на пастбище (село Покровское потеряло около 15 тысяч голов скота), и начали избивать работавших на полях; в селе Преображенском, по словам местного священника, убито в поле около двухсот человек. 11 августа они напали на селения, начали избивать жителей и жечь дома… Пощады русским не было: их резали, избивали, не щадя ни женщин, ни детей. Отрезали головы, уши, носы, детей разрывали пополам, натыкали их на пики, женщин насиловали, даже девочек, молодых женщин и девушек уводили в плен.
Стали появляться лица, которым с Божией помощью удалось избежать насильственной смерти. Некоторые из них были жестоко изранены. Ужасом веяло от их рассказов. Киргизы не щадили даже маленьких детей. Времена злой татарщины воскресли в моей памяти, но все, что когда-то читалось об этих временах, бледнело пред бывшей действительностью… 30 августа явилась ко мне жена разъездного диакона, пятнадцать дней пробывшая в плену, и рассказала, что киргизы на них напали в селе Барскаун. Они все спасались в доме; вечером 12-го киргизы подожгли дом, они выскочили: одних убили, а она, священник Иоанн Роик с женою и детьми были взяты в плен; она случайно нашла пятилетнего сына, а дочь и сын остались в плену, киргизы обрили отца Роика, убеждали перейти в мусульманство, и, получив отказ, они убили отца Иоанна…