Главными органами Лиги наций были Ассамблея, Совет и постоянный Секретариат. Ассамблея была собранием, состоявшим из представителей всех членов Лиги, и созывалась, как правило, один раз в год, в сентябре или при необходимости всякий раз, когда возникала угроза миру. Ассамблея могла рассматривать любые вопросы, касающиеся "мира во всем мире" и соблюдения договоров. На заседаниях Ассамблеи делегации стран должны были иметь не более трех представителей, и каждая страна имела один голос. Совет Лиги состоял из постоянных представителей первоначально пяти главных союзных и присоединившихся держав (Великобритании, Италии, США, Франции, Японии) и четырех непостоянных, избиравшихся из членов Лиги на Ассамблее. Совет должен был собираться периодически, но не реже одного раза в год, и рассматривать широкий круг вопросов, находившихся в компетенции Лиги или влиявших на поддержание мира во всем мире и соблюдения договоров. Любое государство-член Лиги могло участвовать в заседаниях Совета, если обсуждался вопрос, затрагивавший его интересы.
Пятой статьей Устава регулировались правила принятия решений в Лиге. За исключением специально оговоренных случаев, все решения, принимаемые на Ассамблее и Совете, требовали консенсуса, то есть единогласного голосования. Местопребыванием Международного секретариата, согласно шестой статьи Устава, была определена Женева. Секретариат состоял из генерального секретаря и "тех секретарей и сотрудников, которые могут потребоваться". Совет назначал генерального секретаря, с последующим его утверждением на Ассамблее. Первый генеральный секретарь Лиги наций британский дипломат Э.Друммонд был назначен 5 мая 1919 г. Верховным советом Антанты.
В статье 8 государства-члены Лиги признавали, что поддержание мира требовало сокращения национальных вооружений до возможно низкого уровня, который соответствовал бы национальной безопасности и международным обязательствам. Совет, принимая во внимание географию и другие обстоятельства, должен был формулировать план сокращения вооружений и предлагать его соответствующим правительствам для рассмотрения. Такие планы должны были пересматриваться каждые пять лет. Члены Лиги обязались также обмениваться "полной и честной" информацией об уровнях вооружений, военных программах и военном производстве.
Десятая статья Устава должна была стать одной из ключевых, поскольку в ней говорилось, что государства-члены Лиги принимали на себя обязательства "противодействовать агрессии, уважать территориальную целостность и существующую политическую независимость членов Лиги". В случае любой агрессии или опасности ее возникновения Совет Лиги должен определить средства и коллективные действия, с помощью которых можно было выполнить указанные выше обязательства. Однако, четких гарантий или порядка действий в случае угрозы агрессии статья не предусматривала, да и самого определения агрессии в документе не было.