Тем временем в Москву военно-морским министром Н. Г. Кузнецовым были вызваны для разбирательства по обстоятельствам гибели С-117 командующий 7-м флотом вице-адмирал Холостяков, командир 90-й бригады капитан 1-го ранга Прокофьев, начальник управления кадров флота капитан 1-го ранга Дьячков и начальник управления разведки флота капитан 1-го ранга Мельников. Председателем комиссии по расследованию дела «Щуки» назначен адмирал Андреев, который немедленно вылетел на Дальний Восток из Москвы.
А через несколько дней на зеленое сукно стола кремлевского кабинета Сталина лег документ следующего содержания:
«Товарищу Сталину И. В. Докладываем об обстоятельствах гибели подводной лодки С-117 Седьмого военно-морского флота. В период 14–16 декабря 1952 г. 90-я бригада подводных лодок, базирующаяся на Советскую гавань, проводила тактическое задание по атаке группой подводных лодок во взаимодействии с разведывательной авиацией условно изображаемого конвоя.
Учение проводилось в районе Татарского пролива к югу от Советской Гавани. Руководил учением командир 90-й бригады подводных лодок капитан 1-го ранга Прокофьев. План учения был рассмотрен и утвержден Командующим флотом т. Холостяковым…
Подводная лодка С-117 вышла из Советской Гавани в 11 часов 35 минут 14 декабря по местному времени с расчетом быть на позиции в районе Холмска к 8 часам 15 декабря.
Вопреки установленному в военно-морских силах порядку донесений кораблями при нахождении в море своего места не реже двух раз в сутки, руководителем учения капитаном 1 — го ранга Прокофьевым, с одобрения Командующего флотом вице-адмирала Холостякова Г. И. в начальника штаба флота контр-адмирала Радионова А. И. было запрещено подводным лодкам доносить о своих местах как при переходе на позицию, так и в ходе учения. Командирам подводных лодок было дано указание доносить только об обнаружении и об атаке конвоя.
В результате этого руководитель учения и штаб флота не могли знать точного места подводных лодок при их переходе, а также не знали времени занятия подводными лодками своих позиций.
Подводная лодка С-117 также не доносила о своем месте при переходе из Советской Гавани в район порта Холмск.
Командир подводной лодки С-117 сделал два донесения в адрес командира бригады лодок: первое донесение в 18 часов 10 минут 14 декабря о поломке и выходе из строя правого дизеля и второе донесение в 3 часа 15 минут 15 декабря о том, что дизель введен в строй. При этом в обоих донесениях о месте подводной лодки указано не было.
Подводная лодка С-117 должна была донести об обнаружении корабля цели ЦЛ-27, который в 15 часов 15 декабря вышел из порта Холмска, но этого и других каких-либо донесений от подводной лодки не поступило.