Из воспоминаний Героя Советского Союза адмирала флота Г.М. Егорова: «Приближение шторма чувствовалось по многим признакам. Резко падало давление барометра. Крепчал ветер, меняя направление с южного на северный. Это сулило сильный шторм. Я приказал часть лодок с рейда отправить в море, погрузиться на глубину в назначенных районах. К трем часам ночи шторм вроде ослабел. Но вскоре налетел шквалистый северный ветер со снежными зарядами и как разъяренный зверь накинулся на корабли. Находясь на мостике плавбазы «Иртыш», которую на якорях носило с борта на борт усилившимся до ураганной силы ветром (25–30 метров в секунду при сплошных снежных зарядах), я следил по локации за состоянием кораблей на рейде. От командиров лодок периодически поступали доклады о положении дел. Пришла радиограмма от подводной лодки С-80. Поскольку она была адресована штабу подводных сил, мы не смогли ее раскодировать. Полагал, что моя просьба выполнена и командир С-80 подтвердил приказание штаба о возвращении, лодка направляется в базу. К тому же порядок работы связи запрещал мне с моря давать лишние запросы. Заканчивалась штормовая полярная ночь. Начало светать. Теперь, казалось, можно успокоиться. Но вдруг получаю тревожный доклад: «Узел связи флота постоянно вызывает подводную лодку С-80. Ответа от нее нет». Мое беспокойство за корабль и экипаж вновь возросло. С ураганом шутки плохи. Каких только не возникло тогда предположений о причинах молчания корабля. Поначалу думал, что отказала связь. Мысли крутились и вокруг возможности погружения лодки. Командир С-80, не получив распоряжения штаба подводных сил о возвращении в базу, мог пойти на это, чтобы укрыться под водой от шторма. В тяжком ожидании прошел день, ветер почти успокоился, а подводная лодка все молчала. По приказу командующего флотом рейдовый сбор нашего соединения был прекращен. Лодки возвратились в базу. Прямо с причала меня вызвали в штаб флота».
Обеспокоенный надвигающимся штормом, штаб подводных сил передал командиру лодки приказ возвращаться в базу, однако квитанции не получил. Эфир, несмотря на все последующие многочисленные запросы, был пуст. Никому не хотелось верить в худшее. По флоту была немедленно объявлена боевая тревога. Сравнивая ситуацию с исчезновением С-80, нельзя не поразиться ее почти полной схожести с исчезновением С-117. Не менее схоже развивались события и далее.
28 января командующий Северным флотом отдал приказ на начало поисковой операции. В море немедленно вышли эскадренные миноносцы «Гремящий» и «Оживленный», подводные лодки С-46 и Б-36, четыре малых противолодочных корабля, вылетели два самолета Бе-6. Что касается подводной лодки С-46, то она, как и пропавшая без вести С-80, относилась к проекту 644. Перед самым выходом в море командир бригады, который должен был быть старшим на борту, и командир лодки выходить на ней в море наотрез отказались. Оба были немедленно заменены, а затем и сняты со своих должностей. Почему отказались идти в море два достаточно опытных подводника, ведь они прекрасно понимали, что этого отказа им не простят? Скорее всего, дело было в неверии в лодки 644-го проекта, которое после исчезновения С-80 и вызвало такую реакцию. Здесь возникает вопрос: почему командование Северным флотом решило отправить в море именно С-46, когда в готовности к выходу имелось и немало иных лодок. Возможно, такой выбор обусловлен желанием посмотреть на поведение лодки 644-го проекта в море в различных режимах плавания, чтобы попытаться смоделировать ситуацию на С-80, возможно, этот выбор был продиктован стремлением преодолеть у экипажа С-46 естественный психологический барьер, появившейся после гибели «систершипа» их субмарины, а возможно, направили в море то, что оказалось ближе под рукой…