23 июля спасательное судно СС-47 в северо-восточной части полигона, где пропала С-80, в точке с координатами: широта 70 градусов 01 минута 23 секунды северная, долгота 35 градусов 35 минут 22 секунды восточная на глубине 196 метров с помощью гидролокационной станции поиска затонувших подводных лодок МГА-6 обнаружило затонувшую подводную лодку.
Первое же визуальное обследование, произведенное с 12 по 20 августа наблюдательными камерами НК-300 и НК-600, показало, что затонувшая подводная лодка и есть пропавшая в 1961 году С-80. Осматривать затонувшую лодку спускался на наблюдательной камере лично первый заместитель командующего Северным флотом вице-адмирал А.И. Петелин. В свете прожектора субмарина являла собой фантастическое и жуткое зрелище.
20 августа специалисты по результатам наружного обследования и, исходя из внешнего вида подводной лодки, сформулировали общую версию гибели С-80. Лодка лежала на грунте без дифферента с креном в 35 градусов на правый борт. Носовая часть слегка задрана вверх. Корпус субмарины был сильно опутан рыбацкими сетями и поплавками. Оба аварийных буя были отданы. РДП, антенны и ВАН подняты в верхнее крайнее положение. Обрастание ракушками и водорослями незначительное. Предварительный вывод сводился к следующему: ракетоносец шел на перископной глубине в режиме РДП, то есть при работающих дизелях, а затем по какой-то причине резко устремился вниз. Возможно, что командир внезапно увидел неизвестное судно, шедшее на опасное сближение, и скомандовал «срочное погружение». Поплавковый клапан при этом обледенел и не сработал — вода хлынула в отсеки. Экипаж пытался «продуться» и всплыть, но тщетно. Лодка легла на грунт. Некоторое время люди были еще живы, об этом говорили оба выпущенных аварийных буя.
Позднее Государственная комиссия определит причины, почему так долго продолжался поиск пропавшей подводной лодки:
— несовершенство поисковой аппаратуры;
— организация основного поиска в южном районе полигона, там где был обнаружен аварийный буй.
Получив доклад об обнаружении С-80, Главнокомандующий ВМФ отдал приказ поднять подводную лодку не позднее лета 1969 года. В связи с этим была сформирована специальная экспедиция ЭОН-Ю. Командиром назначен опытный спасатель капитан 1-го ранга С. В. Минченко. Сама же операция по подъему С-80 получила кодовое название «Глубина».
Уже в апреле 1969 года на Черном море были проведены учения по подъему подводной лодки с грунта, в ходе которых выяснилось, что для успешного подъема с большой глубины необходима надежная амортизация подъемных устройств. Такие устройства были в срочном порядке разработаны и изготовлены из особо прочных капроновых тросов.