29 июня президиум ЦК принял постановление «Об организации следствия по делу о преступных, антипартийных и антигосударственных действиях Берии».
Прежнего генерального прокурора Григория Николаевича Сафонова 30 июня уволили (два года он оставался без дела, потом получил должность заместителя московского окружного транспортного прокурора), назначили нового — Романа Андреевича Руденко. Он почти десять лет был прокурором Украины, и Хрущев ему доверял.
Подписчики «Большой советской энциклопедии» получили конверты со свежеотпечатанными страницами, которые предлагалось вклеить в пятый том вместо страниц 21–23, где была статья о Берии. Он должен был исчезнуть из истории.
10 декабря 1953 года Президиум ЦК КПСС принял постановление «О рассмотрении дела по обвинению Берии и его соучастников». Дело должно было слушаться в закрытом судебном заседании без участия сторон в порядке, предусмотренном законом от 1 декабря 1934 года.
Президиум ЦК утвердил текст обвинительного заключения и решил разослать его по партийным организациям.
Арестованный сидел в камере без окна. Свет в ней не выключался даже ночью. Рядом с Берией неотлучно находился офицер, которому было приказано его убить, если на бункер кто-то попытается напасть. В президиуме ЦК все еще боялись, что его захотят освободить.
Берия говорил этому офицеру, что он ни в чем не виновен и что его скоро освободят. Не верил, что товарищи поступят с ним так же, как он поступал с другими.
Во втором письме, написанном в заключении, Берия напомнил Маленкову и Хрущеву о том, как он защищал их от Сталина. Ему тут же запретили писать и отобрали у него бумагу, пенсне и карандаш. Не дай бог, напишет что-то из того, что он о них знает…
Следствию пришлось нелегко. Члены президиума думали, как составить обвинительное заключение, потом обвинили Берию в антипартийной деятельности. Но прокурор Руденко сказал, что такой статьи в Уголовном кодексе нет. Тогда написали, что он занимался антигосударственной деятельностью. Но какой именно?
Свидетельств его заговора не обнаружилось. Берию надо было судить за массовые репрессии в стране. Но обвинять его в этом не решились.
Поэтому на всякий случай его обвинили в изнасиловании. Это в любом случае позволяло расстрелять Берию по указу Президиума Верховного Совета СССР от 4 января 1949 года «Об усилении уголовной ответственности за изнасилование». Так всегда делали в ведомстве госбезопасности: предъявляли обвинение сразу по нескольким статьям. Одно сорвется, другое останется.
Специальное судебное присутствие Верховного суда СССР, которое с 18 по 23 декабря решало судьбу Берии и его сотрудников, состояло из маршала Ивана Степановича Конева, председателя ВЦСПС Николая Михайловича Шверника, генерала армии Кирилла Семеновича Москаленко, секретаря Московского обкома Николая Александровича Михайлова, председателя профсоюзов Грузии Митрофана Ионовича Кучавы, первого заместителя министра внутренних дел Константина Федоровича Лунева и двух юристов — первого заместителя председателя Верховного суда СССР Евлампия Лавровича Зей-дина и председателя Московского городского суда Леонида Абрамовича Громова.