Калинин не посмел замолвить за жену словечко. Боялся, что и его самого посадят. Знал, что у чекистов заготовлены материалы о связях с «правыми», Бухариным и Рыковым, которых уже расстреляли. Сталин распорядился ознакомить Калинина с этими материалами, чтобы Михаил Иванович понимал, на каком крючке он сидит, и дрожал от страха.
В справке, которую Берия представил Сталину, говорилось:
«Следствием установлено, что Калинина с 1929 года была организационно связана с участниками антисоветской вредительской и террористической организации правых и содействовала им в их антисоветской деятельности.
Сблизившись с рядом враждебных ВКП(б) лиц: бывшим директором института советского права Мишель А.О., бывшим замдиректора Зернотреста Герчиковым М.Г., бывшим работником Главного управления гражданского воздушного флота Остроумовой В.П., бывшим работником ЦК ВКП(б) Островской Н.Ф. и другими участниками этой организации, осужденными впоследствии за правотроцкистскую деятельность, Калинина предоставляла им свою квартиру для контрреволюционных сборищ, на которых обсуждались вопросы антисоветской деятельности организации, направленные против политики и руководства ВКП(б) и советского правительства.
Имея тесное общение с Остроумовой В.П., информировала последнюю по вопросам секретного характера, что Остроумовой было использовано в шпионских целях. Работая с 1936 года членом Верховного суда РСФСР, Калинина поддерживала связи с правыми: бывшим работником Верхсуда Берман и бывшим работником Института советского права Пашуканис (осуждены).
Кроме того, следствием установлено, что Калинина до 1924 года скрывала о том, что ее брат Лорберг Владимир (осужден) являлся агентом царской охранки.
В предъявленных обвинениях Калинина Е.И. виновной себя признала.
Осуждена Военной коллегией Верховного суда СССР 22 апреля 1939 года по статьям 17-58-6, 17-58-8 и 58–11 УК РСФСР к заключению в исправительно-трудовом лагере сроком на 15 лет с поражением в правах на 5 лет».
9 мая 1945 года, в День Победы, рассчитывая на милосердие вождя, жена «всесоюзного старосты», которого иногда пышно именовали президентом страны, обратилась к Сталину:
«Я, Калинина Екатерина Ивановна, была арестована и осуждена по ст. 58 к заключению в ИТЛ в 1938 году сроком на 15 лет. Я совершила тяжкую ошибку, усугубленную тем, что Вы своевременно мне на нее указывали, а я эти указания не учла. Такое несознательное отношение к своему положению и к окружающим людям повлекло за собой тяжкие поступки, за которые я несу суровое наказание.
Я полностью сознаю свою вину и глубоко раскаиваюсь. Эти проступки совершены мной не из сознательной враждебности, а из-за непонимания обстановки и некритического отношения к окружавшим меня людям. Уже несколько лет я нахожусь на полной инвалидности. Моя единственная надежда на Ваше великодушие: что Вы простите мне мои ошибки и проступки и дадите возможность провести остаток жизни у своих детей».