Политбюро поручило Наркомату внутренних дел «произвести тщательную проверку всех материалов, касающихся т. Жемчужиной». Умелые люди в НКВД немедленно состряпали показания о ее причастности к «вредительской и шпионской работе» и представили их в ЦК.
Но Сталин ее пока что помиловал — для начала ему достаточно было подорвать репутацию Молотова. 24 октября политбюро вновь разбирало поведение Полины Семеновны. Более серьезные обвинения против нее были признаны «клеветническими», но упрек в «неосмотрительности и неразборчивости» записали в постановление.
Никита Хрущев вспоминал:
«Волевая женщина… производила впечатление хорошего работника и хорошего товарища. И что было приятно — никогда не давала почувствовать, что она не просто член партии, а еще и жена Молотова… Сталин относился к ней с большим уважением… На грудь Жемчужиной сыпались ордена, но все по справедливости и не вызывали каких-либо разговоров.
Вдруг, я и сейчас не могу ничем объяснить это, на Жемчужину был направлен гнев Сталина… С конкретными обвинениями в ее адрес выступил Шкирятов (заместитель председателя Комиссии партийного контроля. — Авт.)…
Жемчужина выступила в свою защиту. Я восхищался ею внутренне, хотя и верил тогда, что Сталин прав, и был на стороне Сталина. Но она мужественно защищала свое партийное достоинство и показала очень сильный характер…»
Ее сняли с поста союзного наркома рыбной промышленности и с большим понижением перевели в республиканский наркомат местной промышленности начальником главка текстильной промышленности. В феврале 1941 года на XVIII конференции ВКП(б) Жемчужина лишилась партийного звания — ее вывели из состава кандидатов в члены ЦК, что было публичной пощечиной и выражением политического недоверия.
После войны показалось, что Сталин простил жене Молотова старые грехи. В октябре 1946 года Жемчужину повысили — она возглавила Главное управление текстильно-галантерейной промышленности Министерства легкой промышленности СССР.
Но Сталин, оказывается, не оставил мысли разделаться с Молотовым. Да и с годами вождь стал винить Полину Семеновну в том, что она «плохо влияла» на его жену Надежду Аллилуеву. Может быть, Жемчужина косвенно виновна в ее самоубийстве…
Позиции Молотова ослабевали постепенно.
На пленуме ЦК в марте 1946 года было образовано бюро Совета министров, состоявшее из заместителей главы правительства. Председателем бюро стал не Молотов, а Берия, избранный к тому времени в политбюро.
В начале 1947 года Молотов сумел частично вернуть себе утраченное положение. Бюро Совета министров возглавил сам Сталин, Молотов стал его первым заместителем, то есть фактически председательствовал на заседаниях.