В материалах комиссии возникла тема «врачей-вредителей» — это дело станет одним из важнейших для нового руководства Министерства госбезопасности.
Первым — 18 ноября 1950 года — был арестован один из самых заметных советских кардиологов профессор Яков Гиляриевич Этингер. Еще до его ареста взяли его сына, Якова Яковлевича, студента исторического факультета МГУ.
Яков Яковлевич в оккупированном немцами Минске был отправлен в гетто. Фашисты намеревались уничтожить его, как и все остальное еврейское население. Он чудом остался жив, чтобы угодить в советский лагерь. Его приговорили к десяти годам заключения. Яков Яковлевич выжил и по рассекреченным документам восстановил трагическую историю своей семьи.
Его отец, профессор Этингер, окончил естественно-математический факультет Кенигсбергского университета и медицинский факультет Берлинского университета. В Первую мировую войну служил в военном госпитале. Он заведовал кафедрой 2-го мединститута и был консультантом Лечебно-санитарного управления Кремля.
Госбезопасность стала заниматься им с лета 1948 года. В квартире была установлена подслушивающая аппаратура, и два года все беседы записывались. А отец с сыном вели очень откровенные разговоры на политические темы — о Сталине, о расцветающем антисемитизме. Санкцию на арест Этингера дал Булганин, Сталин в ноябре 1950 года еще отдыхал в Сочи.
Но на первом же допросе 20 ноября старший следователь следственной части по особо важным делам подполковник Михаил Рюмин предъявил Этингеру обвинение во «вредительском лечении» руководителей страны, в первую очередь — Александра Сергеевича Щербакова, кандидата в члены политбюро, члена оргбюро и секретаря ЦК, секретаря МК и МГК партии, начальника Главного политического управления Красной армии.
Этингер отвечал, что тяжелобольного Щербакова лечил Виноградов, он же был всего лишь консультантом.
Абакумов в конце декабря 1950 года пришел к выводу, что обвинение это липовое, и приказал «прекратить работу с Этингером о вредительском лечении», достаточно и антисоветской деятельности.
Профессора избивали, не давали спать. Он еле держался на ногах. Один сердечный приступ следовал за другим. Медчасть Лефортовской тюрьмы предупредила следователя: «В дальнейшем каждый последующий приступ грудной жабы, сопровождающийся сердечной слабостью, может привести к неблагоприятному исходу». После одного из допросов в марте 1951 года Яков Гиляриевич Этингер скончался.
Рюмин обвинил Абакумова в том, что он хотел «положить на полку» обвинение Этингера во вредительском лечении Щербакова и потому установил для арестованного «более суровый режим и перевел из внутренней тюрьмы в Лефортовскую, в самую холодную и сырую камеру, что и привело, особенно после приступов грудной жабы, к смерти Я.Г. Этингера».