Япончик подозревал, что над ним готовится расправа, к тому же он недурно знал большевиков. Он отобрал чуть больше сотни наиболее преданных боевиков в свою личную охрану и отправился в Ольвиополь. В Киев, однако же, он ехать не собирался, понимая, что там его ждет только ЧК. Он рассчитывал как-нибудь прорваться в родную Одессу, а потом… как карта ляжет — то ли снова стать ее королем, то ли лечь на дно. Поэтому на станции Помашная он повернул эшелон в сторону Одессы. Другая версия гласит, что уже все пути к Киеву на тот моменты были отрезаны белогвардейцами, григорьевцами и махновцами, так что Япончик никак не мог выполнить приказ командования: он попал бы в руки врагов, которые непременно его повесили бы. Так что Япончик вовсе не дезертировал, а поступил в соответствии с обстановкой. Существует еще одна версия, которая гласит, что полк Япончика все-таки бежал из Бирзулы, намереваясь добраться до Одессы через Вознесенск на проходящем пассажирском поезде. При этом всех, кто был в поезде, боевики Япончика сначала ограбили, а потом прогнали прочь.
Котовский отдал приказ настичь дезертиров и наказать их по всей строгости закона военного времени. По его распоряжению за беглецами на специальном паровозе ринулись комиссар Фельдман со своими заместителями-политруками Линовым, Свиридовым, Федоровым и Максимовым. Военкомам всех железнодорожных станций на пути Япончика было велено не пропускать его поезд. Однако тот, угрожая военкомам расстрелом, добивался своего, и поезд его шел не останавливаясь, вне всякого графика. И тем не менее…
О гибели Япончика рассказывают по-разному, и все же верить стоит лишь документам из архивов. Процитируем некоторые из них, удержавшись от каких бы то ни было комментариев. В докладе уездвоенкома М. Синюкова Одесскому окружному комиссару по военным делам говорится: «4-го сего августа 1919 года я получил распоряжение со станции Помашная от командующего внутренним фронтом т. Кругляка задержать до особого распоряжения прибывающего с эшелоном командира 54-го стрелкового советского украинского полка Митьку Японца.
Во исполнение поручения я тотчас же отправился на станцию Вознесенск с отрядом кавалеристов Вознесенского отдельного кавалерийского дивизиона и командиром названного дивизиона т. Урсуловым, где распорядился расстановкой кавалеристов в указанных местах и стал поджидать прибытия эшелона.
Ожидаемый эшелон был остановлен за семафором. К остановленному эшелону я прибыл совместно с военруком, секретарем и командиром дивизиона и потребовал немедленной явки ко мне Митьки Японца, что и было исполнено. По прибытии Японца я объявил его арестованным и потребовал от него оружие, но он сдать оружие отказался, после чего я приказал отобрать оружие силой. В это время, когда было приступлено к обезоруживанию, Японец пытался бежать, оказал сопротивление, ввиду чего был убит, выстрелом из револьвера, командиром дивизиона. Отряд Японца, в числе 116 человек, арестован и отправлен под конвоем на работу в огородную организацию».