Части ВМС Украины оказались в более сложной ситуации. С одной стороны, украинские военнослужащие не применяли оружие против блокирующих их воинские части российских солдат и «ополчения» даже в тех случаях, когда это было предусмотрено Уставом гарнизонной и караульной службы ВС Украины (хотя вооруженное сопротивление явно усложнило бы Москве спецоперацию по захвату Крыма, а возможно, и вовсе сорвало бы ее). С другой стороны, украинские военные до середины марта не складывали оружие, не сдавали места дислокации и не переходили на сторону оккупантов, хотя Кремль явно рассчитывал на обратное, как в случае с украинскими милиционерами.
В связи с этим Москва ввела в качестве участников спецоперации еще один компонент — усиление для местного «ополчения» из числа собранных в России бандформирований, в частности так называемых казаков.
В итоге к моменту проведения в Крыму 16 марта 2014 года так называемого референдума, на основании которого полуостров был юридически введен Россией в свой состав, там оставались «очаги украинского присутствия» лишь в виде отдельных воинских частей ВС Украины, блокированные российскими военнослужащими, бандформированиями из России и местным «ополчением».
В ходе этой успешной спецоперации России мы наблюдали довольно редкое в мире спецслужб очень тесное взаимодействие двух спецслужб России, которые и проводили единую операцию, благодаря чему и сработал формат «гибридной войны». Это Главное разведывательное управление (ГРУ) ВС РФ и Федеральная служба безопасности (ФСБ) РФ. При этом общее планирование и управление операцией возлагалось на Генеральный штаб ВС РФ, который отвечал за применение подразделений спецназа ГРУ, введение в операцию подразделений Вооруженных сил РФ (как из состава Черноморского флота РФ, так и перебрасываемых из России) и их тесное взаимодействие. А ФСБ занималась координацией действий местного «ополчения», а затем вводом бандформирований («казаков») с территории РФ, обеспечив их тесное взаимодействие с подразделениями ВС РФ.
Также россияне убедились в эффективности такого изобретенного ими формата «гибридной войны», апробированного в Крыму, как действия вооруженного «ополчения» и спецназа под прикрытием «мирных протестующих» (в основном стариков и женщин из числа населения пророссийской направленности) для блокирования и захвата различных объектов противника. Прикрываясь «живым щитом», оккупанты могли рассчитывать на низкую вероятность сопротивления. Этот формат россияне позже широко использовали на первом этапе своей агрессии на Донбассе, причем в ряде случаев с помощью «живого щита» им даже удавалось без применения оружия разоружать целые подразделения Вооруженных сил Украины.