15 октября 1667 г., в день утверждения генеральной карты Сибири Годуновым, Хабаров подал ему челобитную с просьбой отпустить его на Амур для строительства городов и заведения хлебной пашни. «А я, — обещал Хабаров, — для тое… государевой службы и прибыли подыму на своих проторях сто человек и на своих судах и хлебными запасами. С тех мест, где поставитца город и остроги, будет… великим государем в ясачном сборе и в пахоте прибыль».
Челобитная Хабарова очень импонировала Петру Годунову. Проводимые воеводой мероприятия в Сибири были направлены на увеличение государственной прибыли и сокращение казенных расходов. Хабаров предлагал, легко ли сказать, снаряжение большого отряда за свой счет. В его предложении для казны была прямая и экономия и прибыль. Но, как ни велик был соблазн, Годунов не рискнул дать положительный ответ землепроходцу.
Через руки Петра Годунова не так давно прошла отписка из Якутска воеводы Большого Голенищева-Кутузова, извещавшего о восстании против воеводы Обухова, расправе с ним и бегстве на Амур отряда Н. Черниговского. Знакомясь с документами, Годунов глазам своим не верил. Сын боярский Никифор Черниговский, который в конце 50-х гг. XVII в. был «погонщиком» за беглецами, направлявшимися в Даурию, ныне сам ушел туда в качестве главаря беглой ватаги, в которую набрал пашенных крестьян, служилых и всяких воровских людей. А теперь этот беглый Черниговский принимал к себе в Албазин людей всех чинов и званий, недовольных администрацией. В такой обстановке Годунов не посмел взять на себя ответственность и отпустить Хабарова на амурскую службу. Имя землепроходца было очень популярно в Сибири. За ним пошли бы многие. А это могло иметь нежелательный результат — запустение ранее обжитых районов вследствие отлива оттуда населения в Даурию. Но, отказав Хабарову, Годунов все-таки принял его челобитную и, завизировав, поручил передать ее в Сибирский приказ сыну боярскому Давыду Бурцеву, посланному в Москву с тобольской ясачной казной. Туда же порекомендовал Годунов ехать и Хабарову.
26 ноября 1667 г., присоединившись к Бурцеву, Хабаров отправился в столицу. В Москву он прибыл 31 декабря. По окончании рождественских праздников Ерофей Павлович был принят в Сибирском приказе. Полтора месяца Хабаров сдавал привезенную им ясачную казну. Купчины-ценовщики не торопились: придирчиво сверяли местную оценку с московской, тщательно отбирали лучшие шкурки для Мастерской Царицыной Палаты и для подарков иностранным послам. Так же внимательно подьячие Якутского стола Сибирского приказа приняли у Ерофея Павловича деловые бумаги илимского воеводства: отписки, сметные и пометные денежные, хлебные и соляные списки, таможенные и ясачные книги, челобитные.