К приезду Хабарова в руководстве Сибирского приказа произошли изменения. С декабря 1663 г. вместо боярина А. Н. Трубецкого его возглавил окольничий Родион Матвеевич Стрешнев. Дьяков Г. Протопопова и Н. Юдина заменили дьяки Г. Порошин и Л. Ермолаев, переведенные Стрешневым из приказа Большой Казны. Новой администрации имя Хабарова мало что говорило, и о его отправке на Амур никто не стал хлопотать перед царем. Поэтому Сибирский приказ ограничился лишь решением о повышении оклада Ерофею Павловичу в благодарность за доставленную издалека соболиную казну и безупречную службу, но его просьбу об отпуске на Амур и снаряжении туда отряда на собственные средства оставил без внимания.
Так ничего и не добившись, Ерофей Павлович вернулся на Киренгу в свою деревню Хабаровку. По условию завещания она окончательно переходила в собственность монастыря только после смерти Хабарова. Возможно, что свои последние годы знаменитый землепроходец доживал именно здесь. О них нам почти ничего не известно. Правда, некоторую ясность о времени кончины Хабарова вносят работы В. Н. Шерстобоева и Б. П. Полевого. В свое время Шерстобоеву, разбиравшему архив Илимской приказной избы, удалось найти челобитную монахов Киренского монастыря, в которой они извещали илимского воеводу Аничкова о смерти Хабарова. 9 февраля 1671 г. они писали: «А ныне он, Ярафей, умер», — и просили подтвердить за монастырем право на владение мельницей, деревней и пашней, завещанными ему Хабаровым в 1664 и 1667 гг. На основании этой челобитной В. Н. Шерстобоев считал, что Хабаров умер в 1671 г. Б. П. Полевой полагает, что Хабаров скончался в самом начале февраля 1671 г. С датой смерти Хабарова — в начале февраля 1671 г. — можно согласиться, если принять во внимание то, что монастыри, как правило, не откладывали акт вступления в наследство. В год смерти Хабарову могло быть 64–66 лет. Похоронен Ерофей Павлович Хабаров, вероятнее всего, в ограде Усть-Киренского Троицкого монастыря, щедрым вкладчиком и дарителем которого был записан[72].
Деятельность Хабарова и его экспедиции имела большое политическое и экономическое значение как для России, так и для нового Даурского края. Приамурье было присоединено к России, и началось его неуклонное освоение. В 50—80-х гг. XVII в. на Амуре и его притоках строятся остроги Нерчинский, Усть-Стрелочный, Албазинский, Кумарский, Верхозейский, Селимджинский, Долонский, Аргунский. Плодородные земли Приамурья привлекли русских переселенцев. Во второй половине XVII в. их усилиями здесь возникли деревни Панова, Покровская, Усть-Аргунская, Ильинская, Шингалова, Вяткина, Монастырщина, Солдатова и др., положившие прочные начальные основы русского земледелия в Приамурье и имевшие прямую связь с его дальнейшим аграрным развитием в XIX–XX вв. В 1682 г. Приамурье выделилось в самостоятельное Албазинское воеводство. Таким образом, «левый берег Амура, — как отметил П. И. Кабанов, — стал окраинной областью Московского государства в такой же мере, как Якутия, и при этом более обжитой, чем прилегающее к Амуру Забайкалье. Московское государство имело все основания считать амурские земли своим владением не только фактически, но и юридически».