Действуя по своей «воеводской правде», уже после конфискации пашни, Головин потребовал, чтобы Хабаров помог своими деньгами пустой якутской казне. Хабаров это сделать отказался. На этой почве в Якутске произошло его столкновение с Головиным. За дерзость и «невежливые слова» в адрес воеводы Хабаров был брошен в тюрьму. Находясь там, он написал обстоятельную жалобу на воеводу, которую закончил горькими словами: «Впредь… тое пашнишки заводить нечем. Воевода Петр Головин… разорил до конца».
Казалось бы, незаслуженно обиженного и потерпевшего материальные убытки Хабарова не было основания держать в тюрьме. Но у Головина вскоре нашелся повод задержать там Хабарова на два с половиной года. Попытка Головина повысить налоговое обложение нерусского населения вызвала крупное восстание якутов. Они осадили Якутский острог, где находились воевода и его администрация. Восстание было жестоко подавлено. Головин обвинил в подстрекательстве к нему не только русских промышленников, но даже и своих ближайших помощников — воеводу М. Глебова, письменного голову Е. Бахтеярова и дьяка В. Филатьева. Взаимные обвинения администрации разожгли обычную в Сибири воеводскую смуту. В обострившейся обстановке более 100 русских людей было брошено в тюрьму. В причастности к «изменному делу» обвинили и Хабарова. Из тюрьмы он вторично написал челобитную, в которой рассказал о «мучительствах» и разорении его Головиным: о дважды конфискованной пашне, отнятой соляной варнице, о несправедливой замене десятого снопа пятым, об аресте и заточении в тюрьму. В заключение он просил отпустить его в Соль Вычегодскую к семье, «чтоб женишко свое и детишка с правежу освободить… и в государевых податях и долгах расплатиться». «В свое место» на время отъезда «у пашнишки» он просил оставить «братишку своего родного Микифорку Хабарова».
Челобитная Хабарова, как доказательство одной из «вин» Головина, была привезена и передана в Сибирский приказ сторонниками противостоящей воеводе группировки. Их же старанием она попала в руки дьяка Сибирского приказа Григория Протопопова, а затем доложена судье приказа боярину Никите Ивановичу Одоевскому. Из Москвы в Якутск пришел ответ. Поскольку Головина сместили, ответ был адресован сменившим его воеводам Василию Пушкину и Кириллу Супоневу. Им предлагалось выяснить «допряма» и отписать в Москву «не замотчав», «… сколь давно и при котором воеводе ему, Ерофейку, та земля… дана из десятого ль или пятого снопа, и на сколько лет, и что у него с тое земли и иных каких оброков велено имать, и будет ему, Ерофейку, та земля дана из десятова снопа, и для чево Петр Головин у него, Ерофейка, с тое земли взял пятой сноп, а не десятой, и для чево у него те землю и варницу взял… и его, Ерофейка, в Якуцком остроге держал и к Руси не отпускал?»