Стены и все дома Кнайпхофа необходимо было сооружать на свайных ростверках; в сырую землю сквозь болота и плывуны надо было загнать тысячи дубовых столбов до твёрдого грунта. Особенно тяжело это давалось при строительстве на острове самого монументального здания — собора.
Его основателем был епископ Иоганнес Кларе, сын торнского бюргера, прочно пустивший корни на своей новой прусской родине и являвшийся по сути дела организатором епископата. Шестнадцать лет прожил он в Кёнигсберге в качестве настоятеля и старшего священника собора, прежде чем стал в 1310 году епископом. Это ему Орден передал во владение восточную часть острова Кнайпхофа. Там он вскоре после 1330 года приступил к строительству собора. Он намеревался возвести церковь-крепость, какие имелись во Фрауэнбурге и в Мариенвердере, однако он не учёл того факта, что эти города принадлежали исключительно клерикальной власти, в то время как в Кёнигсберге ему принадлежал лишь маленький район, пребывавший в тени высоко расположенной орденской крепости. Как это и было принято, он первым делом взялся за строительство алтарной части и было уже возвёл на некоторую высоту стены, как вдруг гохмейстер Лютер Брауншвейгский заинтересовался строительством. Он был, конечно же, человеком набожным и собор возлюбил так, что избрал его местом своего погребения, однако же церкви-крепости всего лишь на расстоянии полёта стрелы от орденской стерпеть не смог. И обязал он в 1333 году епископа возвести не крепость, а церковь, тип которой, а также высота и ширина стен были детально оговорены в договоре. Алтарная часть — помещение для священнослужителей — состояла из высоких, с двумя звёздчатыми сводами, и низких трёхпролётных хоров. К 1335 году она была готова настолько, что в ней смогли похоронить, согласно его последней воле, гохмейстера, умершего в том году по пути в Кёнигсберг. Его деревянное скульптурное изображение, лежащее на саркофаге, было единственной средневековой цельной пластикой в Пруссии, сохранившейся до 1944 года.
После окончания строительства алтарной части приступили к строительству обеих башен по образцу Кафедрального собора в Кульмзее, затем возвели, продольную часть, предназначенную для прихожан, представлявшую собой трёхнефную базилику с плоским балочным перекрытием. Вскоре после 1350 года её перестроили в церковь с нефами одинаковой высоты, подняв стены боковых нефов до высоты перекрытия среднего нефа и объединив все три нефа под куполом мощной общей двускатной крыши. До освящения собора епископ Иоганнес не дожил. Он умер в 1344 году и также был погребён в высокой алтарной части. Освящение состоялось, вероятно, до 1351 года, так как в том же году капитул продал территорию, на которой стоял старый собор в Альтштадте, за исключением госпиталя «К Святому Духу», муниципалитету Альтштадта. Около 1380 года, то есть примерно через 50 лет, здание было готово. Время не столь уж продолжительное, если учесть, сколько его понадобилось многим другим, более богатым и большим городам западной части Германии для возведения своих церквей. Если не учитывать перестройки шпицевой крыши после пожара и небольших работ по обновлению, то собор простоял целым и невредимым до катастрофы 1944 года. Посвящён он был св. Адальберту и Деве Марии.