После завоевания Казани русские воеводы, усмиряя инородцев, распространили свои завоевания и на Башкирию. Башкирский народ, как нам уже известно, платил дань казанским, ногайским и сибирским ханам. Московские воеводы разослали башкирским старшинам свои грамоты, склоняя их покориться московскому царю, взамен чего обещали оставить им в неприкосновенности их старые привилегии и брали их под свою защиту.
В 1556 г. башкиры приняли подданство России. Они обязались платить Москве ясак звериными шкурами, медом и деньгами по 25 к. с юрты; в свою очередь московский царь обещал им свою защиту.
В 1557 г. Иван IV дал башкирам грамоту, в которой жаловал им на вечное владение все земли Башкирии. Башкиры, добровольно вступившие на русскую службу, получали особые тарханные грамоты, освобождающие их от уплаты ясака. Эти тарханные грамоты положили начало дворянскому классу Башкирии.
Для удобства управления Башкирией и для собирания ясака правительство решило укрепиться в центре страны.
В 1574 г. в Башкирию прибыл с войском воевода Нагой и заложил город Уфу на правом берегу р. Белой, вблизи впадения в нее р. Уфы.
Во время постройки города подступили с войском Сибирские царевичи — Тевкей и Аблай, чтобы помешать русским укрепиться в сердце Башкирии. В сражении, разыгравшемся в 15 вер. от Уфы, войско татар воеводой Нагим было разбито, и оба предводителя попались в плен и были отвезены в Москву.
После постройки гор. Уфы русские построили в Башкирии ряд других городов: город Самару в 1586 году, Острожек и Мензелинск в 1584 г., Челябинск в 1658 и другие.
Возникновение русских городов и крепостей в Башкирии дало толчок к развитию в крае правительственной и вольной колонизации.
Русская колонизация в крае имела земледельческий характер и первые русские колонии стали распространяться в Башкирии по восточному склону Уральских гор, богатому глубоким черноземом и дремучими лесами, которые имели притягательную силу для колонистов.
Собственно тяга русских людей в Приуралье началась еще в XI—ХII веке, когда новгородская вольница проникала в бассейн Камы и оттуда далее в «Заволоцкую чудь», до Уральского хребта. В погоне за азиатскими товарами, главным образом за шкурами зверей, новгородцы перешли «увалы» (Уральские горы) и вступили в меновую торговлю с местными народами.
Наряду с движением на восток «новгородских гостей» возникло и другое движение — это бродяжничество новгородской вольницы, «утекавшей» в далекий край в поисках счастья от домашних обид и неурядиц. Новгородские ушкуйники положили начало тому вольному колонизационному потоку, который предшествовал организованной правительством колонизации края, и который не прекращается и до сих пор в виде переселенческой волны.