Против старшины Сеита был послан воевода Зеленин с небольшим отрядом яицких и малороссийских казаков, но был отражен башкирами.
Воззвания уфимских воевод и разные посулы правительства башкирскому народу не имели никакого успеха. Только измена калмыцкого хана Аюки, который принял подданство Москвы, ослабила силы восставших.
Восстание было подавлено только в 1680 г и закончилось свирепыми казнями.
Часть повстанцев, спасаясь от преследования воеводы Зеленина, вторгнулась в Челябинский уезд — и произвела здесь большие опустошения Сибирских слобод.
Спустя всего три года, в 1683 г. снова вспыхнуло восстание башкир под Мензелинском, которое было усмирено яицкими казаками
После усмирения Сеитовского восстания Башкирия была настолько ослаблена, что Московское правительство нашло возможным совершенно покончить с автономным положением страны и включить ее в общую систему государственного волостного устройства. Башкирия была разделена на 4 административные единицы, получившие название дорог, — Казанскую, Осинскую, Сибирскую и Ногайскую; все эти дороги были разделены на волости, которые в свою очередь были приписаны к Казанскому, Осинскому, Кунгурскому и Мензелинскому уездам.
Вместе с тем были урезаны права провинциальных воевод, которым строго воспрещалось притеснять башкирское население и предписывалось «держать с ними привет и ласку и обнадеживать их государевой милостью».
Вводя в стране новое административное устройство, правительство в то же время принимало ряд мер для упрочения своего военного положения. По Волге, между Казанью и Астраханью, в удобных местах были построены новые военные крепости для наблюдения «за татарскими перелазами». Внутри самой Башкирии был также построен ряд новых военных крепостей, городов, острогов и зимовий, которые были заняты русскими гарнизонами.
Между городами и укрепленными пунктами были проложены сухопутные дороги и налажены речные сообщения по рекам Белой, Каме и Волге. Мало-по-малу Башкирия охватывалась со всех сторон в тесное кольцо русских военных крепостей.
В 1650 г. на р. Исете был построен Исетский острог; в 1662 г. был построен Шадринский острог; в 1670 г. Усть-Миясская слобода; в 1658 г., как мы уже знаем, была построена Челябинская крепость, впоследствии ставшая центром Исетской провинции.
Кроме, того со стороны Сибири были застроены остроги: Окуневский в 1670 г., Чумлякская слобода — в 1679 г. — Миясская крепость — в 1685 г.
Таким образом к концу XVII в. Башкирия была замкнута системой крепостей и городов со всех сторон и имела административное устройство.