Внутри края не прекращались столкновения новых пришельцев-колонистов с башкирами. Последние соединялись в партии, продолжая нападать на русские села и заводы.
Жизнь русских переселенцев подвергалась постоянной опасности. Башкиры нападали на них во время полевых работ, угоняли скот, выжигали посевы и села.
Первоначальные задачи правительства, поставленные Кирилову, не были выполнены. В обстановке военной борьбы не представлялось возможным приступить ни к устройству в крае горных заводов, ни к развитию торговых сношений с Средне-Азиатскими странами.
Первый медноплавильный Воскресенский завод, построенный Кириловым, был сожжен башкирами в 1737 году.
Правда, во исполнение директивы правительства о развитии торговых сношений с Средне-Азиатскими странами Татищев в 1738 г. отправил в Ташкент первый торговый караван, но последний не дошел до места назначения, будучи разграблен в степи казаками. Первая попытка завязать торговые сношения с Востоком через киргизские степи окончилась так же безуспешно, как и Хивинская экспедиция Бековича-Черкасского. Но тем не менее, несмотря на эти первые неудачи, торговый капитал не оставлял своих планов о завоевании средне-азиатских рынков и опыты торговых сношений были повторены с еще большей настойчивостью, как только русская власть была закреплена над Башкирией.
Таким образом перед правительством продолжали стоять задачи, как по внутреннему устройству Оренбургского края, так и по урегулированию взаимоотношений с Казакской ордой, с целью проложить через ее кочевье свободный путь торговым караванам.
Исполнителем этой программы правительства был назначен И. И. Неплюев, основатель современного Оренбурга.
Первой своей задачей Неплюев считал устройство края в военно-стратегическом отношении, при чем он считал необходимым «закрыть Башкирию от азиатских кочевников», т. е. достроить ряд намеченных при Урусове крепостей по р.р. Уралу, Ую и Тоболу.
По прибытии в гор. Оренбург летом 1742 г., Неплюев лично объехал пограничную линию от г. Орска до Тюмени, проделав свыше 700 в. пути по дикой безлюдной местности. Во время своей поездки он лично наметил места для постройки крепостей по р.р. Уралу, Ую и Тоболу и заложил крепость Троицкую, ныне г. Троицк, на устье р. Увельки, впадающей в р. Уй.
Проектируемый им пояс пограничных укреплений имел целью создать прочный барьер на границах Башкирии и Казакской орды и отделить эти народы друг от друга русскими поселениями по границе.
В 1743 г. Неплюев предпринял вторую поездку вниз по р. Уралу. На этот раз он имел целью выбрать место для постройки нового гор. Оренбурга, так как нашел, что избранный Татищевым пункт на урочище Красная гора был неудобен.