Неплюев приложил все усилия, чтобы заселить Оренбургский край русским элементом. Для этой цели со стороны Закамской линии были сняты и переселены на Оренбургскую линию казаки, дворяне и другие служилые люди. Таких переселенцев насчитывалось до 4152 человек. Из южной России в Оренбург были переселены 849 душ малороссийских казаков; из Самары, Алексеевска и Уфы — 550 казаков, которые положили начало Оренбургскому казачьему войску.
Гарнизоны вновь построенных крепостей составили 2 пехотных и 1 драгунский полк. Кроме того, на линию было переселено 1000 донских казаков, 3 тыс. Уфимских башкир, 500 мещеряков, 500 ясачных татар и от 3-х до 4-х тысяч казанских татар.
На Уйскую линию было переселено до 1000 зауральных башкир 5000 крестьян Екатеринбургской и Исетской провинции, 500 яицких казаков и 300 уфимских нагайбацких и ельдяцких казаков и 3 роты Уфимского полка.
Нижне-Яицкая линия охранялась яицкими казаками и для той же цели предназначалось 5000 калмыков.
По данным историка Рычкова, во времена Неплюева Оренбургский край располагал военными силами в 20 тыс. человек, чего было вполне достаточно, чтобы упрочить в крае военное господство России.
Образование Оренбургской губ. в 1744 г.
15 марта 1744 г. была учреждена Оренбургская губерния, и Неплюев был назначен первым ее губернатором.
В административном отношении Оренбургская губ. делилась на Оренбургский дистрикт, к которому принадлежали: Илецкий городок, Сакмарский городок, Зелаирская крепость, Яицкий казачий городок со всем Яицким войском, и Уфимскую и Исетскую провинции.
Линейные крепости Оренбургского края разделялись на 8 дистанций: Сакмарскую, Самарскую, Нижне-Яицкую, Красногорскую, Орскую, Верхне-Яицкую, Верхне-Уйскую. Оренбургский дистрикт (собственно уезд) и 8 крепостных дистанций находились в непосредственном управлении Оренбургского губернатора, тогда как для управления уфимской и Исетской провинцией назначались особые воеводы.
В состав Уфимской провинции входили уезды: Бирский, Мензелинский, Осинский и Куртамышский.
Исетская провинция, как нам уже известно, была образована при Татищеве в 1738 г. и состояла из уездов — Исетского, Шадринского, Окуневского.
Уфимская и Исетская провинциальные канцелярии заведывали всеми башкирскими делами.
Кроме того, в состав Оренбургского дистрикта входила Бугульминская Земская Контора «со слободами и жительствами на Московской дороге», Ставропольский дистрикт (уезд), населенный крещеными калмыками; Оренбургское и Уральское казачьи войска, Казакская Малая орда и каракалпакский народ, занимавший нижнее течение р. Сыр-Дарьи.