Построив новый г. Оренбург в 1743 г., Неплюев переселил сюда 550 человек самарских и уфимских казаков, застроивших Форштадт. Из этих казаков была создана первая военно-административная единица Оренбургского войска — Оренбургский нерегулярный корпус.
Все другие казаки, живущие в крепостях, пока не имели самостоятельного управления и были подчинены по месту своего жительства провинциальным воеводам, командирам ландмилицких полков и крепостным комендантам.
В 1748 г., указом Военной Коллегии от 12-го июля, управление всеми казаками края было объединено в руках войскового атамана Могутова, назначенного правительством из самарских казаков. В помощь атаману были назначены есаул и писарь. Эти три лица составили «Войсковую Избу» — первый высший военно-административный аппарат войска.
15-го мая 1755 г. был утвержден штат Оренбургского нерегулярного корпуса.
В 1755 г. Оренбургское войско насчитывало 5877 мужск. душ, из которых 1797 человек получали жалование от казны и назывались «жаловаными» казаками, а остальные казаки жалования не получали и служили за свой счет, пользуясь за службу земельными угодьями.
В 60-х годах XVIII ст. был издан указ, по которому всех казачьих детей, а также детей дворян и «служилых людей», проживающих в Самаре, Саратове и Ставрополе, по достижении ими 17-тилетнего возраста, стали зачислять в казаки, дабы они «праздно не шатались по Волге» зачисляли в казаки и крещеных калмыков.
В 1764 г. мужское население войска возросло уже до 13,874 человек.
Заселяя казаками Оренбургскую пограничную линию, правительство преследовало две цели: во-первых, оно стремилось создать на границе в лице казачества крупные военные силы, которые могли защищать границу от набегов кочевников, а во вторых — казаки являлись культурным земледельческим элементом в крае; с течением времени казаки настолько развили земледелие, что могли удовлетворять своими продуктами не только местное население края, но и вывозить хлеб в киргизскую степь, что оказало огромное влияние на развитие торговых сношений с Казакской ордой.