Комендантский режим был ненавистен казачеству также, как крестьянам крепостное право.
Появление Пугачева с яицкими казаками против Оренбургских линейных крепостей послужило сигналом для восстания Оренбургского казачества. Будучи разбросаны станицами по линейным крепостям, казаки по приближении Пугачева всюду первые переходили на его сторону и с ожесточением мстили комендантам за свои обиды.
Скоро под командой Падурова образовался уже целый полк Оренбургских казаков, численностью до 800 ч.
Вслед за Оренбургскими казаками на сторону Пугачева перешли Исетские казаки, которым под предводительством хорунжего Невзорова на короткий срок даже удалось захватить Челябинскую крепость. Правительственные войска, прибывшие из Тобольска, выбили казаков из Челябинска, но казаки почти полностью перешли в войско Пугачевского полковника Грязнова, оперировавшего под Челябинском.
Таким образом казачество Оренбургского края перешло на сторону Пугачева.
Кроме полка Оренбургских казаков у Пугачева были полки Яицких казаков под командой Овчинникова, Илецких казаков — под командой Творогова, Исетских казаков — под командой Бильдина. Казачьи полки составляли гвардию Пугачева и ядро его ополчений[5].
Продолжая движение к Оренбургу, Пугачев 29 сентября занял крепость Чернореченскую, а затем, обойдя Оренбург, 1 октября занял Сакмарский городок.
События развертывались с головокружительной быстротой. Оренбургский губернатор, имея в своем распоряжении гарнизон в 3000 человек при 70 орудиях, совершенно растерялся. Ни одно его распоряжение не исполнялось. Вызванные им для защиты Оренбурга 500 вооруженных калмыков бежали с дороги; 1000 башкир перешли к Пугачеву. Восстание разгоралось. Башкирский народ присоединился к Пугачеву. Служилые калмыки, чуваши, черемисы и татары перестали повиноваться царским чиновникам и уходили к Пугачеву. Заводские и помещичьи крестьяне восстали против своих бар, весь край был в огне.
Момент восстания был выбран чрезвычайно удачно. Государство переживало острый кризис войны с Турцией; войска были отвлечены на фронт. В России то и дело вспыхивали бунты по случаю рекрутских наборов и строгих правительственных мер, принятых против чумной эпидемии.
Правительство Екатерины II, узнав о Пугачевском восстании, отправило под Оренбург войска из Москвы, Петербурга, Новгорода и Бахмута. Начальство над войсками, действующими против Пугачева, было поручено генералу Кару. К народу были выпущены увещевательные манифесты.
Между тем 5 октября Пугачев появился под Оренбургом и расположился лагерем в 5 верстах от города. В тот же день он установил одну батарею на паперти Форштадтской церкви, а другую в загородном доме губернатора и открыл огонь по городу. В Оренбурге началась паника, но город был укреплен и первые попытки штурма со стороны Пугачева были отбиты. Оренбургский гарнизон предпринят против Пугачева несколько вылазок, которые окончились безрезультатно.