Опыт 1773—1774 г.г. показал, что Оренбургский губернатор не в состоянии управлять столь обширным краем, населенным народностями разных национальностей. Город Оренбург, как административный центр, был слишком удален от России и мог быть легко отрезан, что вело к параличу всех органов краевой власти, как это наблюдалось в дни Пугачевского восстания. В силу этих соображений в 1782 г. Оренбургская губерния была упразднена, а вместо нее учреждено Симбирское и Уфимское наместничество, в состав которого вошли 2 области — Оренбургская и Уфимская. Оренбургскую область составили уезды: Оренбургский, Бузулукский, Верхне-Уральский, Сергиевский и Троицкий. Уфимская область состояла из уездов: Уфимского, Бирского, Мензелинского, Стерлитамакского, Кунгурского, Челябинского, Белебеевского и Бугульминского.
Уездные города были образованы из бывших крепостей. Чувашские и мордовские поселения — Бугульма и Бугуруслан, селение Белебей и Челябинская, Верхне-Уральская, Троицкая, Орская крепости были обращены в города.
С учреждением наместничества Уральское казачье войско было отчислено к Астраханской губ.
Наместником края был назначен барон Игельстром, управление которого было переведено из г. Оренбурга в Симбирск, а в 1784 г. в Уфу; с 1781 г. край стал называться Уфимским наместничеством.
Оренбург стал областным городом, но в нем по прежнему сосредоточивалось пограничное управление Краем.
Покончив с Пугачевским восстанием, правительство стремилось восстановить нормальную жизнь в крае и возобновить прерванные смутой торговые сношения с киргизской степью и средне-азиаткими странами. За время Пугачевского восстания казаки воспользовались ослаблением пограничной охраны и стали опустошать своими набегами башкирские и русские поселения. Они углублялись до самой Волги, массами уводили жителей и отгоняли у них скот. По сведениям Оренбургского губернатора, за время восстания казаки увели в неволю до 3-х тыс. человек русских, калмыков и башкир. Правительство потребовало от Нурали-хана прекратить набеги на русские границы и возвратить пленников. Но Нурали-хан не в состоянии был выполнить этого требования, т. к. казаки не подчинялись его власти, почему он обратился за помощью к Оренбургскому губернатору. В течение 1775—1776 г. в киргизскую степь были посланы несколько отрядов из русских казаков и башкир, которые разгромили аулы мирных казаков, кочующих вблизи границ, выручив ничтожное количество пленников.
Для управления казаками в Оренбургской области была учреждена Экспедиция Пограничных Дел под председательством начальника области и обер-коменданта Оренбургской крепости. В 1799 г. Экспедиция Пограничных Дел была преобразована в Оренбургскую Пограничную Комиссию.