При Экспедиции Пограничных Дел был учрежден Пограничный суд, состоящий из представителей местного управления и Казакской орды. Пограничному суду было поручено разбирать все пограничные столкновения и улаживать конфликты — между русским населением, башкирами и населением Казакской орды, однако суд не оправдал своего назначения, т. к. никто не обращался к суду, а скорее расчитывал на свою силу.
Ни Экспедиция Пограничных Дел, ни Пограничный суд не могли умиротворить край, так как в 80-х годах XVIII в. в Казакской орде начались внутренние междоусобия. Против ставленника России Нурали-хана восстал известный вождь народной партии Сырым батырь, который стремился к свержению ханской власти в орде. Наместник края барон Игельстром, убедившись в бессилии хана установить порядок в орде, поддержал движение батыря Сырыма. В 1785 г. в орде состоялся народный съезд, который провозгласил упразднение ханской власти. Во главе орды был поставлен Сырым батырь, как главный старшина и председатель Народного Собрании. В степи наступил мир. Набеги казаков на русские границы прекратились. Движение торговых караванов было восстановлено. Для внутреннего управления орда была разделена на три части, во главе которых были учреждены Расправы, — коллегии из казакских старшин. Однако мир продолжался недолго. Султанская партия продолжала борьбу против батыря Сырыма. Скоро барон Игельстром, заподозрив Сырыма в измене, стал на сторону султанской партии. В 1790 г. ханская власть в орде была восстановлена, но борьба народной и султанской партий продолжалась В 1797 г. Сырым батырь убил казакского хана Ишима и, в свою очередь, пал от руки предводителя султанской партии султана Каратая.
Под влиянием смут и междоусобий часть казаков Малой орды под предводительством султана Букея перешла на правый берег Урала и основала здесь Внутреннюю или Букеевскую орду. Сторонники батыря Сырыма откочевали в хивинские пределы. Волнения в орде продолжались всю первую четверть XIX в., что вынудило русское правительство принять ряд решительных мер для окончательного покорения казакского народа.
Восстановление Оренбургской губ. в 1796 г.
В 1796 г. Оренбургская губ. была восстановлена вновь в тех пределах, в которых она существовала до 1782 г. В ее состав вошли все 13 уездов Оренбургской и Уфимской областей. Во главе губернии был поставлен военный губернатор — все тот-же барон Игельстром, пользующийся правами Оренбургского и Уфимского генерал-губернатора. Военный губернатор объединял в своих руках военное и пограничное управление Оренбургского края, в помощь ему по гражданским делам был назначен гражданский губернатор, проживающий в г. Уфе, где были сосредоточены общегубернские учреждения Края.